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Calculateur de ratio molaire de ligature (insert:vecteur)
Configure les ligatures selon NEB : pmol = ng × 10³ ÷ (650 × bp). Le mode calcul de masse utilise la formule classique insert_ng = ratio × vecteur_ng × (bp_insert ÷ bp_vecteur) (le facteur 650 s'annule) ; le mode vérification reçoit les deux masses et renvoie le ratio molaire réel. Bandes recommandées selon la taille de l'insert : <200 bp 5–10:1, 200–999 bp 3–5:1, ≥1000 bp 1–5:1, avec l'avertissement que des ratios >10:1 favorisent surtout les concatémères d'insert. Avec le volume de réaction, l'outil donne les concentrations nM (la ligase est sensible à la concentration d'extrémités, >1 nM est plus efficace). Sources : NEB NEBioCalculator et guide de ligature, Promega BioMath, Sambrook & Russell. Uniquement pour l'éducation.
Démarrage rapide
Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.
curl -X POST 'https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/ligation-molar-ratio' \
-H 'Content-Type: application/json' \
-d '{"mode":"solveInsert","vectorSizeBp":3000,"vectorMassNg":100,"insertSizeBp":1000,"insertMassNg":50,"ratio":3,"reactionVolumeUl":20,"decimalPlaces":3}'Référence de l'API
Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.
Point d'accès
POST https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/ligation-molar-ratioParamètres
| Nom | Type | Requis | Description |
|---|---|---|---|
| mode | select | Oui | Solve for the insert mass a desired ratio needs, or check the actual ratio of two masses. |
| vectorSizeBp | number | Oui | Double-digested vector backbone length in base pairs. |
| vectorMassNg | number | Oui | Mass of the linearized vector in the reaction. |
| insertSizeBp | number | Oui | Insert fragment length in base pairs. |
| insertMassNg | number |
Intégration MCP
Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.
Configuration du serveur
Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :
{
"mcpServers": {
"elysiatools-ligation-molar-ratio": {
"name": "ligation-molar-ratio",
"description": "Configure les ligatures selon NEB : pmol = ng × 10³ ÷ (650 × bp). Le mode calcul de masse utilise la formule classique insert_ng = ratio × vecteur_ng × (bp_insert ÷ bp_vecteur) (le facteur 650 s'annule) ; le mode vérification reçoit les deux masses et renvoie le ratio molaire réel. Bandes recommandées selon la taille de l'insert : <200 bp 5–10:1, 200–999 bp 3–5:1, ≥1000 bp 1–5:1, avec l'avertissement que des ratios >10:1 favorisent surtout les concatémères d'insert. Avec le volume de réaction, l'outil donne les concentrations nM (la ligase est sensible à la concentration d'extrémités, >1 nM est plus efficace). Sources : NEB NEBioCalculator et guide de ligature, Promega BioMath, Sambrook & Russell. Uniquement pour l'éducation.",
"baseUrl": "https://api.elysiatools.com/mcp/sse?toolId=ligation-molar-ratio",
"command": "",
"args": [],
"env": {},
"isActive": true,
"type": "sse"
}
}
}Lister les outils disponibles
Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 1,
"method": "tools/list"
}Appeler cet outil
Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 2,
"method": "tools/call",
"params": {
"name": "ligation-molar-ratio",
"arguments": {
"mode": "solveInsert",
"vectorSizeBp": 3000,
"vectorMassNg": 100,
"insertSizeBp": 1000,
"insertMassNg": 50,
"ratio": 3,
"reactionVolumeUl": 20,
"decimalPlaces": 3
}
}
}