Education

Калькулятор Tm праймера ПЦР (Уоллес / ближайшие соседи)

Вычисляет температуру плавления (Tm) ПЦР-праймера двумя методами, с выдачей обоих: правило Уоллеса Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (быстрая оценка для коротких олигов <14 нт, без учёта контекста, концентрации и соли) и унифицированный термодинамический метод ближайших соседей SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — с 16 параметрами стэкинга, терминальными членами инициации и поправкой на симметрию самокомплементарных последовательностей; задаётся концентрация праймера и натрия (семейство методов Primer3). Также выводятся GC-состав, состав оснований и рекомендуемая Ta = Tm − 5°C. Источники: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Только для первичного скрининга.

json· JSON-результатОткрыть инструмент

Быстрый старт

Вызовите этот инструмент из своего кода на трёх языках.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/pcr-primer-tm' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"sequence":"GTAAAACGACGGCCAGT","method":"nearest-neighbor","primerConcentrationNm":500,"sodiumConcentrationMm":50,"decimalPlaces":1}'

Справочник API

Отправьте POST-запрос с входными данными в JSON. Параметры типа «файл» требуют предварительной загрузки.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/pcr-primer-tm

Параметры

Имя	Тип	Обязательный	Описание
sequence	text	Да	DNA primer sequence, A/C/G/T only (case-insensitive); 5–60 nt.
method	select	Да	Wallace for a quick short-oligo estimate; nearest-neighbor is the standard for primer design.
primerConcentrationNm	number	Да	Primer strand concentration (nearest-neighbor method only).
sodiumConcentrationMm	number	Да	[Na+] of the reaction buffer (nearest-neighbor method only).
decimalPlaces	number

Интеграция MCP

Добавьте этот инструмент на свой сервер Model Context Protocol, чтобы ИИ-агенты могли перечислять и вызывать его.

Конфигурация сервера

Добавьте этот блок в конфигурацию вашего MCP-клиента:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-pcr-primer-tm": {
      "name": "pcr-primer-tm",
      "description": "Вычисляет температуру плавления (Tm) ПЦР-праймера двумя методами, с выдачей обоих: правило Уоллеса Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (быстрая оценка для коротких олигов <14 нт, без учёта контекста, концентрации и соли) и унифицированный термодинамический метод ближайших соседей SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — с 16 параметрами стэкинга, терминальными членами инициации и поправкой на симметрию самокомплементарных последовательностей; задаётся концентрация праймера и натрия (семейство методов Primer3). Также выводятся GC-состав, состав оснований и рекомендуемая Ta = Tm − 5°C. Источники: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Только для первичного скрининга.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=pcr-primer-tm",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Получить список инструментов

После подключения к SSE-endpoint выведите список доступных инструментов:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Вызвать этот инструмент

Вызовите инструмент по его id; аргументы формируются из его параметров:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "pcr-primer-tm",
    "arguments": {
  "sequence": "GTAAAACGACGGCCAGT",
  "method": "nearest-neighbor",
  "primerConcentrationNm": 500,
  "sodiumConcentrationMm": 50,
  "decimalPlaces": 1
}
  }
}

Обзор инструментов Открыть инструмент