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Simulateur de l'effet goulot d'étranglement (perte d'hétérozygotie)
Simule la perte attendue d'hétérozygotie après un goulot d'étranglement (espérance déterministe). Sous dérive de Wright-Fisher idéale, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) par génération, d'où H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g ; la taille efficace harmonique Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) est dominée par le minimum ; F accumulé = 1 − H_final/H₀. Pour un allèle de fréquence p, la survie à UNE génération de goulot est 1 − (1−p)^(2Nb) ; les allèles rares disparaissent en premier. Cas classiques : éléphant de mer du Nord (~20 survivants vers 1890), guépard, nēnē d'Hawaï, bison d'Europe, atoll de Pingelap. Sources : Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Usage éducatif uniquement.
Démarrage rapide
Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.
curl -X POST 'https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/bottleneck-effect-simulator' \
-H 'Content-Type: application/json' \
-d '{"initialHeterozygosity":0.5,"bottleneckSize":20,"bottleneckGenerations":5,"recoverySize":2000,"recoveryGenerations":10,"alleleFrequency":0.1,"decimalPlaces":4}'Référence de l'API
Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.
Point d'accès
POST https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/bottleneck-effect-simulatorParamètres
| Nom | Type | Requis | Description |
|---|---|---|---|
| initialHeterozygosity | number | Oui | Heterozygosity before the bottleneck (0 < H₀ ≤ 1). |
| bottleneckSize | number | Oui | Census size during the bottleneck (Nb). |
| bottleneckGenerations | number | Oui | Number of generations spent at the bottleneck size (t). |
| recoverySize | number | Oui | Census size after recovery (Nr). |
| recoveryGenerations | number |
Intégration MCP
Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.
Configuration du serveur
Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :
{
"mcpServers": {
"elysiatools-bottleneck-effect-simulator": {
"name": "bottleneck-effect-simulator",
"description": "Simule la perte attendue d'hétérozygotie après un goulot d'étranglement (espérance déterministe). Sous dérive de Wright-Fisher idéale, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) par génération, d'où H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g ; la taille efficace harmonique Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) est dominée par le minimum ; F accumulé = 1 − H_final/H₀. Pour un allèle de fréquence p, la survie à UNE génération de goulot est 1 − (1−p)^(2Nb) ; les allèles rares disparaissent en premier. Cas classiques : éléphant de mer du Nord (~20 survivants vers 1890), guépard, nēnē d'Hawaï, bison d'Europe, atoll de Pingelap. Sources : Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Usage éducatif uniquement.",
"baseUrl": "https://api.elysiatools.com/mcp/sse?toolId=bottleneck-effect-simulator",
"command": "",
"args": [],
"env": {},
"isActive": true,
"type": "sse"
}
}
}Lister les outils disponibles
Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 1,
"method": "tools/list"
}Appeler cet outil
Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 2,
"method": "tools/call",
"params": {
"name": "bottleneck-effect-simulator",
"arguments": {
"initialHeterozygosity": 0.5,
"bottleneckSize": 20,
"bottleneckGenerations": 5,
"recoverySize": 2000,
"recoveryGenerations": 10,
"alleleFrequency": 0.1,
"decimalPlaces": 4
}
}
}