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Calculadora de longitud de fragmentos de restricción

Estima los tamaños de los fragmentos tras la digestión: un sustrato circular con n cortes produce n fragmentos (envolviendo el origen) y uno lineal produce n+1. El modo de posiciones calcula fragmentos exactos a partir de coordenadas separadas por comas; el modo de número de sitios da el recuento y la media con distribución uniforme. Incluye la frecuencia esperada de sitios en ADN aleatorio: cortadores de 4 bases ~1 cada 256 bp, de 6 bases ~1 cada 4096 bp (REBASE/Sambrook), y avisos de resolución en agarosa (<50 bp puede perderse). Fuentes: Sambrook & Russell 3.ª ed., REBASE. Solo para educación.

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Inicio rápido

Llama a esta herramienta desde tu código en tres lenguajes.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/restriction-fragment-length' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'

Referencia de la API

Envía una petición POST con tus entradas en JSON. Los parámetros de tipo archivo requieren una subida previa.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/restriction-fragment-length

Parámetros

Nombre	Tipo	Obligatorio	Descripción
topology	select	Sí	Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.
inputMode	select	Sí	Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.
substrateLengthBp	number	Sí	Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.
cutPositions	text	Sí	Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.
cutSiteCount

Integración MCP

Añade esta herramienta a tu servidor Model Context Protocol para que los agentes de IA puedan listarla y llamarla.

Configuración del servidor

Añade este bloque a la configuración de tu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-restriction-fragment-length": {
      "name": "restriction-fragment-length",
      "description": "Estima los tamaños de los fragmentos tras la digestión: un sustrato circular con n cortes produce n fragmentos (envolviendo el origen) y uno lineal produce n+1. El modo de posiciones calcula fragmentos exactos a partir de coordenadas separadas por comas; el modo de número de sitios da el recuento y la media con distribución uniforme. Incluye la frecuencia esperada de sitios en ADN aleatorio: cortadores de 4 bases ~1 cada 256 bp, de 6 bases ~1 cada 4096 bp (REBASE/Sambrook), y avisos de resolución en agarosa (<50 bp puede perderse). Fuentes: Sambrook & Russell 3.ª ed., REBASE. Solo para educación.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar herramientas disponibles

Tras conectar al endpoint SSE, lista las herramientas expuestas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Llamar a esta herramienta

Invoca la herramienta por su id; los argumentos se construyen a partir de sus parámetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "restriction-fragment-length",
    "arguments": {
  "topology": "circular",
  "inputMode": "positions",
  "substrateLengthBp": 2686,
  "cutPositions": "1000, 2000",
  "cutSiteCount": 2,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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