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Calculadora del coeficiente de extinción proteico (ε280)

Calcula ε280 según Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncistina (M⁻¹cm⁻¹, error típico ±5%). Las cistinas son pares de Cys unidos por puente disulfuro y solo cuentan en estado oxidado (⌊Cys/2⌋); la herramienta devuelve los valores totalmente reducido y totalmente oxidado para acotar el estado real. El modo secuencia cuenta W/Y/C y calcula el peso molecular con las masas medias de ProtParam; el modo recuento toma números de residuos y un peso opcional. Incluye A0.1% = ε/PM (absorbancia de 1 mg/mL), es decir c = A/ε para volver de la lectura al concentrado. Ojo: proteínas sin Trp/Tyr tienen ε280 casi nulo (use A205 o BCA) y corrija la contaminación de ácidos nucleicos (A260). Fuentes: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Solo para educación.

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Inicio rápido

Llama a esta herramienta desde tu código en tres lenguajes.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/protein-extinction-coefficient' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"sequence","sequence":"GIVEQCCTSICSLYQLENYCN","trpCount":1,"tyrCount":2,"cysCount":4,"cysState":"reduced","molecularWeightKDa":0,"decimalPlaces":2}'

Referencia de la API

Envía una petición POST con tus entradas en JSON. Los parámetros de tipo archivo requieren una subida previa.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/protein-extinction-coefficient

Parámetros

Nombre	Tipo	Obligatorio	Descripción
mode	select	Sí	Count W/Y/C from a sequence, or enter residue counts directly.
sequence	textarea	Sí	One-letter codes, 20 standard residues (FASTA headers, whitespace, and '*' are stripped); sequence mode.
trpCount	number	Sí	Number of tryptophans (counts mode); each contributes 5500 M⁻¹cm⁻¹.
tyrCount	number	Sí	Number of tyrosines (counts mode); each contributes 1490 M⁻¹cm⁻¹.
cysCount	number

Integración MCP

Añade esta herramienta a tu servidor Model Context Protocol para que los agentes de IA puedan listarla y llamarla.

Configuración del servidor

Añade este bloque a la configuración de tu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-extinction-coefficient": {
      "name": "protein-extinction-coefficient",
      "description": "Calcula ε280 según Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncistina (M⁻¹cm⁻¹, error típico ±5%). Las cistinas son pares de Cys unidos por puente disulfuro y solo cuentan en estado oxidado (⌊Cys/2⌋); la herramienta devuelve los valores totalmente reducido y totalmente oxidado para acotar el estado real. El modo secuencia cuenta W/Y/C y calcula el peso molecular con las masas medias de ProtParam; el modo recuento toma números de residuos y un peso opcional. Incluye A0.1% = ε/PM (absorbancia de 1 mg/mL), es decir c = A/ε para volver de la lectura al concentrado. Ojo: proteínas sin Trp/Tyr tienen ε280 casi nulo (use A205 o BCA) y corrija la contaminación de ácidos nucleicos (A260). Fuentes: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Solo para educación.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-extinction-coefficient",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar herramientas disponibles

Tras conectar al endpoint SSE, lista las herramientas expuestas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Llamar a esta herramienta

Invoca la herramienta por su id; los argumentos se construyen a partir de sus parámetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-extinction-coefficient",
    "arguments": {
  "mode": "sequence",
  "sequence": "GIVEQCCTSICSLYQLENYCN",
  "trpCount": 1,
  "tyrCount": 2,
  "cysCount": 4,
  "cysState": "reduced",
  "molecularWeightKDa": 0,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}