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Calculadora de afinidad proteína-ADN (estimación de Kd)

Estima el Kd a partir de un punto según el equilibrio 1:1: con proteína en exceso, f = [P]÷([P]+Kd), luego Kd = [P]×(1−f)÷f; con f = 0.5 el Kd iguala la concentración de proteína. Dos entradas: fracción unida directa (0–1) o anisotropía de fluorescencia f = (r−rlibre)÷(rligado−rlibre). Añade ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por defecto). Bandas: <1 nM muy fuerte, 1–100 nM fuerte (dianas típicas de factores transcripcionales), 100 nM–1 µM moderado, >1 µM débil (revisar sal y competidor poly(dI-dC)). Supuestos: equilibrio, 1:1, proteína en gran exceso; para curvas completas ajuste la titulación entera. Fuentes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Solo para educación.

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Inicio rápido

Llama a esta herramienta desde tu código en tres lenguajes.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/protein-dna-binding-affinity' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"fraction","proteinConcNm":50,"fractionBound":0.5,"anisotropy":0.18,"anisotropyFree":0.12,"anisotropyBound":0.25,"temperatureC":25,"decimalPlaces":2}'

Referencia de la API

Envía una petición POST con tus entradas en JSON. Los parámetros de tipo archivo requieren una subida previa.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/protein-dna-binding-affinity

Parámetros

Nombre	Tipo	Obligatorio	Descripción
mode	select	Sí	Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.
proteinConcNm	number	Sí	Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).
fractionBound	number	Sí	Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).
anisotropy	number	Sí	Anisotropy of the sample (anisotropy mode).
anisotropyFree	number

Integración MCP

Añade esta herramienta a tu servidor Model Context Protocol para que los agentes de IA puedan listarla y llamarla.

Configuración del servidor

Añade este bloque a la configuración de tu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-dna-binding-affinity": {
      "name": "protein-dna-binding-affinity",
      "description": "Estima el Kd a partir de un punto según el equilibrio 1:1: con proteína en exceso, f = [P]÷([P]+Kd), luego Kd = [P]×(1−f)÷f; con f = 0.5 el Kd iguala la concentración de proteína. Dos entradas: fracción unida directa (0–1) o anisotropía de fluorescencia f = (r−rlibre)÷(rligado−rlibre). Añade ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por defecto). Bandas: <1 nM muy fuerte, 1–100 nM fuerte (dianas típicas de factores transcripcionales), 100 nM–1 µM moderado, >1 µM débil (revisar sal y competidor poly(dI-dC)). Supuestos: equilibrio, 1:1, proteína en gran exceso; para curvas completas ajuste la titulación entera. Fuentes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Solo para educación.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-dna-binding-affinity",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar herramientas disponibles

Tras conectar al endpoint SSE, lista las herramientas expuestas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Llamar a esta herramienta

Invoca la herramienta por su id; los argumentos se construyen a partir de sus parámetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-dna-binding-affinity",
    "arguments": {
  "mode": "fraction",
  "proteinConcNm": 50,
  "fractionBound": 0.5,
  "anisotropy": 0.18,
  "anisotropyFree": 0.12,
  "anisotropyBound": 0.25,
  "temperatureC": 25,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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