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Calculadora del Tamaño de Ráfaga de Fagos (crecimiento un paso)

Calcula el tamaño de ráfaga (burst size) de un experimento de crecimiento en un paso: ráfaga = (PFU/mL libres tras la lisis − PFU/mL inoculados) ÷ células infectadas, donde células infectadas = densidad celular × porcentaje infectado. El porcentaje puede estimarse por adsorción de Poisson P = 1 − e^(−MOI): MOI 1 ≈ 63%, MOI 2 ≈ 86%, MOI 3 ≈ 95%, MOI 5 ≈ 99%. Interpretación típica: <20 baja, 20–100 habitual (λ ≈ 50–100), 100–300 alta (tipo T4 ≈ 100–200+), >300 revise los datos.

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Inicio rápido

Llama a esta herramienta desde tu código en tres lenguajes.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/phage-burst-size' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"pfuAfterLysis":5010000000,"pfuInoculated":10000000,"cellDensity":100000000,"infectionPercent":50,"decimalPlaces":1}'

Referencia de la API

Envía una petición POST con tus entradas en JSON. Los parámetros de tipo archivo requieren una subida previa.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/phage-burst-size

Parámetros

Nombre	Tipo	Obligatorio	Descripción
pfuAfterLysis	number	Sí	Free phage in the lysate at the end of the one-step growth curve.
pfuInoculated	number	Sí	Phage added at the start of infection (0 is acceptable when negligible).
cellDensity	number	Sí	Host cell density when phage was added (e.g. mid-log ~1×10⁸ cells/mL).
infectionPercent	number	Sí	Infected fraction in %. From MOI via Poisson: 1 ≈ 63%, 2 ≈ 86%, 3 ≈ 95%, 5 ≈ 99%.
decimalPlaces

Integración MCP

Añade esta herramienta a tu servidor Model Context Protocol para que los agentes de IA puedan listarla y llamarla.

Configuración del servidor

Añade este bloque a la configuración de tu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-phage-burst-size": {
      "name": "phage-burst-size",
      "description": "Calcula el tamaño de ráfaga (burst size) de un experimento de crecimiento en un paso: ráfaga = (PFU/mL libres tras la lisis − PFU/mL inoculados) ÷ células infectadas, donde células infectadas = densidad celular × porcentaje infectado. El porcentaje puede estimarse por adsorción de Poisson P = 1 − e^(−MOI): MOI 1 ≈ 63%, MOI 2 ≈ 86%, MOI 3 ≈ 95%, MOI 5 ≈ 99%. Interpretación típica: <20 baja, 20–100 habitual (λ ≈ 50–100), 100–300 alta (tipo T4 ≈ 100–200+), >300 revise los datos.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=phage-burst-size",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar herramientas disponibles

Tras conectar al endpoint SSE, lista las herramientas expuestas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Llamar a esta herramienta

Invoca la herramienta por su id; los argumentos se construyen a partir de sus parámetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "phage-burst-size",
    "arguments": {
  "pfuAfterLysis": 5010000000,
  "pfuInoculated": 10000000,
  "cellDensity": 100000000,
  "infectionPercent": 50,
  "decimalPlaces": 1
}
  }
}

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