LOD-Score-Rechner (Kopplungsanalyse)

LOD-Score-Rechner (Kopplungsanalyse) | Kostenloses Online-Tool | Elysia Tools

Leitfaden zur Tool-Nutzung

Erfahren Sie, wann dieses Tool passt, was es unterstützt und wie Nutzer es anwenden.

Wichtige Fakten

Kategorie: Education
Eingabetypen: select, number
Ausgabetyp: json
Sample-Abdeckung: 4
API bereit: Ja

Überblick

Der LOD-Score-Rechner führt eine Zwei-Punkt-Kopplungsanalyse anhand rekombinanter und nicht rekombinanter Meiosen durch. Er berechnet wahlweise den maximalen LOD-Score mit geschätztem Rekombinationsanteil θ̂ oder den LOD-Score bei einem festen θ und liefert zusätzlich eine LOD-Kurventabelle.

Wann verwenden

Wenn Sie prüfen möchten, ob Beobachtungsdaten für eine genetische Kopplung zwischen zwei Loci sprechen.
Wenn Sie den Maximum-Likelihood-Schätzer θ̂ = r/N und den zugehörigen maximalen LOD-Score benötigen.
Wenn Sie eine Kopplungshypothese für einen festgelegten Rekombinationsanteil θ bewerten möchten.

So funktioniert es

1Wählen Sie zwischen dem maximalen LOD mit geschätztem θ und der Auswertung bei einem festen θ.
2Geben Sie die Anzahl der rekombinanten und nicht rekombinanten Meiosen ein.
3Tragen Sie im Modus mit festem θ einen Rekombinationsanteil zwischen 0 und 0,5 ein und legen Sie bei Bedarf die Dezimalstellen fest.
4Der Rechner gibt den LOD-Score, relevante Ergebniswerte, eine Schlussfolgerung anhand der klassischen Schwellen und eine Kurventabelle für θ = 0,05 bis 0,45 aus.

Anwendungsfälle

Auswertung von Kreuzungs- oder Stammbuchdaten in Übungen zur mendelschen Genetik.
Vergleich der Kopplungsevidenz bei unterschiedlichen Rekombinationsanteilen.
Veranschaulichung der Morton-Schwellen in Lehrveranstaltungen zur Genkartierung.

Beispiele

1. Signifikante Kopplung aus 20 informativen Meiosen

Genetikstudentin

Hintergrund

In einer Übungsaufgabe wurden 2 rekombinante und 18 nicht rekombinante Meiosen beobachtet.

Aufgabe

Der geschätzte Rekombinationsanteil und der maximale LOD-Score sollen bestimmt werden.

Verwendung

Den Modus „Maximaler LOD (θ schätzen)“ wählen, 2 Rekombinanten und 18 Nicht-Rekombinanten eingeben und auf 4 Dezimalstellen rechnen.

θ-Modus: maximal; Rekombinanten: 2; Nicht-Rekombinanten: 18; Dezimalstellen: 4

Ergebnis

Der Rechner ermittelt θ̂ = 0,1 und Zmax ≈ 3,197. Damit liegt nach dem klassischen Schwellenwert signifikante Evidenz für Kopplung vor.

2. Kopplung bei θ = 0,1 prüfen

Dozent für Genetik

Hintergrund

Ein Datensatz enthält 10 rekombinante und 10 nicht rekombinante Meiosen und ist damit mit freier Rekombination vereinbar.

Aufgabe

Es soll geprüft werden, ob die Daten gegen eine Kopplung bei einem Rekombinationsanteil von 0,1 sprechen.

Verwendung

Den Modus „LOD bei festem θ auswerten“ wählen, jeweils 10 rekombinante und nicht rekombinante Meiosen sowie θ = 0,1 eingeben.

FAQ

Was bedeutet ein LOD-Score von mindestens 3?

Ein Wert Z ≥ 3 gilt als signifikante Evidenz für Kopplung und entspricht Chancen von mindestens 1000:1.

Was bedeutet ein LOD-Score von höchstens −2?

Ein Wert Z ≤ −2 gilt als signifikante Evidenz gegen eine Kopplung beim untersuchten θ.

Wie wird der geschätzte Rekombinationsanteil berechnet?

Im Modus „Maximaler LOD“ wird θ̂ als r/N berechnet, also Rekombinanten geteilt durch alle informativen Meiosen.

Wann sollte ich ein festes θ verwenden?

Verwenden Sie ein festes θ, wenn Sie die Kopplungsevidenz für einen bestimmten Rekombinationsanteil testen möchten.

Ist der Rechner für diagnostische Entscheidungen geeignet?

Nein. Der Rechner ist ausschließlich für Bildungszwecke vorgesehen.

θ-Modus: fest; Rekombinanten: 10; Nicht-Rekombinanten: 10; θ: 0,1; Dezimalstellen: 4

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