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Restriktionsfragment-Längenrechner

Schätzt die Fragmentgrößen nach einer Restriktionsverdau: ein zirkuläres Substrat mit n Schnitten ergibt n Fragmente (um den Ursprung herum), ein lineares n+1. Der Positionsmodus berechnet exakte Fragmente aus kommagetrennten Koordinaten; der Anzahlmodus liefert Stückzahl und Mittelwert bei gleichmäßiger Verteilung. Dazu die erwartete Sitefrequenz in zufälliger DNA: 4-Basen-Erkennungsstellen ~1 je 256 bp, 6-Basen ~1 je 4096 bp (REBASE/Sambrook) sowie Hinweise zur Agarose-Auflösung (<50 bp kann laufen). Quellen: Sambrook & Russell 3. Aufl., REBASE. Nur für Ausbildung.

json· JSON-ErgebnisWerkzeug öffnen

Schnellstart

Rufen Sie dieses Werkzeug aus Ihrem Code in drei Sprachen auf.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/restriction-fragment-length' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'

API-Referenz

Senden Sie eine POST-Anfrage mit Ihren Eingaben als JSON. Dateiparameter erfordern einen vorherigen Upload.

Endpunkt

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/restriction-fragment-length

Parameter

Name	Typ	Erforderlich	Beschreibung
topology	select	Ja	Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.
inputMode	select	Ja	Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.
substrateLengthBp	number	Ja	Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.
cutPositions	text	Ja	Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.
cutSiteCount

MCP-Integration

Fügen Sie dieses Werkzeug Ihrem Model-Context-Protocol-Server hinzu, damit KI-Agenten es auflisten und aufrufen können.

Serverkonfiguration

Fügen Sie diesen Block Ihrer MCP-Client-Konfiguration hinzu:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-restriction-fragment-length": {
      "name": "restriction-fragment-length",
      "description": "Schätzt die Fragmentgrößen nach einer Restriktionsverdau: ein zirkuläres Substrat mit n Schnitten ergibt n Fragmente (um den Ursprung herum), ein lineares n+1. Der Positionsmodus berechnet exakte Fragmente aus kommagetrennten Koordinaten; der Anzahlmodus liefert Stückzahl und Mittelwert bei gleichmäßiger Verteilung. Dazu die erwartete Sitefrequenz in zufälliger DNA: 4-Basen-Erkennungsstellen ~1 je 256 bp, 6-Basen ~1 je 4096 bp (REBASE/Sambrook) sowie Hinweise zur Agarose-Auflösung (<50 bp kann laufen). Quellen: Sambrook & Russell 3. Aufl., REBASE. Nur für Ausbildung.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Verfügbare Werkzeuge auflisten

Nach dem Verbinden mit dem SSE-Endpunkt listen Sie die bereitgestellten Werkzeuge auf:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Dieses Werkzeug aufrufen

Rufen Sie das Werkzeug über seine ID auf; Argumente werden aus seiner Parameterliste gebildet:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "restriction-fragment-length",
    "arguments": {
  "topology": "circular",
  "inputMode": "positions",
  "substrateLengthBp": 2686,
  "cutPositions": "1000, 2000",
  "cutSiteCount": 2,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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