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Restriktionsfragment-Längenrechner
Schätzt die Fragmentgrößen nach einer Restriktionsverdau: ein zirkuläres Substrat mit n Schnitten ergibt n Fragmente (um den Ursprung herum), ein lineares n+1. Der Positionsmodus berechnet exakte Fragmente aus kommagetrennten Koordinaten; der Anzahlmodus liefert Stückzahl und Mittelwert bei gleichmäßiger Verteilung. Dazu die erwartete Sitefrequenz in zufälliger DNA: 4-Basen-Erkennungsstellen ~1 je 256 bp, 6-Basen ~1 je 4096 bp (REBASE/Sambrook) sowie Hinweise zur Agarose-Auflösung (<50 bp kann laufen). Quellen: Sambrook & Russell 3. Aufl., REBASE. Nur für Ausbildung.
Schnellstart
Rufen Sie dieses Werkzeug aus Ihrem Code in drei Sprachen auf.
curl -X POST 'https://api.elysiatools.com/de/api/tools/restriction-fragment-length' \
-H 'Content-Type: application/json' \
-d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'API-Referenz
Senden Sie eine POST-Anfrage mit Ihren Eingaben als JSON. Dateiparameter erfordern einen vorherigen Upload.
Endpunkt
POST https://api.elysiatools.com/de/api/tools/restriction-fragment-lengthParameter
| Name | Typ | Erforderlich | Beschreibung |
|---|---|---|---|
| topology | select | Ja | Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1. |
| inputMode | select | Ja | Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate. |
| substrateLengthBp | number | Ja | Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs. |
| cutPositions | text | Ja | Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique. |
| cutSiteCount |
MCP-Integration
Fügen Sie dieses Werkzeug Ihrem Model-Context-Protocol-Server hinzu, damit KI-Agenten es auflisten und aufrufen können.
Serverkonfiguration
Fügen Sie diesen Block Ihrer MCP-Client-Konfiguration hinzu:
{
"mcpServers": {
"elysiatools-restriction-fragment-length": {
"name": "restriction-fragment-length",
"description": "Schätzt die Fragmentgrößen nach einer Restriktionsverdau: ein zirkuläres Substrat mit n Schnitten ergibt n Fragmente (um den Ursprung herum), ein lineares n+1. Der Positionsmodus berechnet exakte Fragmente aus kommagetrennten Koordinaten; der Anzahlmodus liefert Stückzahl und Mittelwert bei gleichmäßiger Verteilung. Dazu die erwartete Sitefrequenz in zufälliger DNA: 4-Basen-Erkennungsstellen ~1 je 256 bp, 6-Basen ~1 je 4096 bp (REBASE/Sambrook) sowie Hinweise zur Agarose-Auflösung (<50 bp kann laufen). Quellen: Sambrook & Russell 3. Aufl., REBASE. Nur für Ausbildung.",
"baseUrl": "https://api.elysiatools.com/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
"command": "",
"args": [],
"env": {},
"isActive": true,
"type": "sse"
}
}
}Verfügbare Werkzeuge auflisten
Nach dem Verbinden mit dem SSE-Endpunkt listen Sie die bereitgestellten Werkzeuge auf:
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 1,
"method": "tools/list"
}Dieses Werkzeug aufrufen
Rufen Sie das Werkzeug über seine ID auf; Argumente werden aus seiner Parameterliste gebildet:
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 2,
"method": "tools/call",
"params": {
"name": "restriction-fragment-length",
"arguments": {
"topology": "circular",
"inputMode": "positions",
"substrateLengthBp": 2686,
"cutPositions": "1000, 2000",
"cutSiteCount": 2,
"decimalPlaces": 2
}
}
}