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Protein-DNA-Bindungsaffinitätsrechner (Kd-Schätzung)

Schätzt das Kd aus einem Messpunkt gemäß 1:1-Gleichgewicht: bei Proteinüberschuss gilt f = [P]÷([P]+Kd), also Kd = [P]×(1−f)÷f; bei f = 0,5 entspricht das Kd der Proteinkonzentration. Zwei Eingaben: gebundener Anteil direkt (0–1) oder Fluoreszenzanisotropie f = (r−rfrei)÷(rgeb.−rfrei). Ergänzt ΔG° = RT·ln(Kd) (standardmäßig 25 °C). Bereiche: <1 nM sehr fest, 1–100 nM fest (typische Ziele von Transkriptionsfaktoren), 100 nM–1 µM mäßig, >1 µM schwach (Salz und poly(dI-dC)-Wettbewerber prüfen). Annahmen: Gleichgewicht, 1:1, Protein im großen Überschuss; für vollständige Kurven die gesamte Titration fitten. Quellen: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Nur für Ausbildung.

json· JSON-ErgebnisWerkzeug öffnen

Schnellstart

Rufen Sie dieses Werkzeug aus Ihrem Code in drei Sprachen auf.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/protein-dna-binding-affinity' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"fraction","proteinConcNm":50,"fractionBound":0.5,"anisotropy":0.18,"anisotropyFree":0.12,"anisotropyBound":0.25,"temperatureC":25,"decimalPlaces":2}'

API-Referenz

Senden Sie eine POST-Anfrage mit Ihren Eingaben als JSON. Dateiparameter erfordern einen vorherigen Upload.

Endpunkt

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/protein-dna-binding-affinity

Parameter

Name	Typ	Erforderlich	Beschreibung
mode	select	Ja	Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.
proteinConcNm	number	Ja	Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).
fractionBound	number	Ja	Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).
anisotropy	number	Ja	Anisotropy of the sample (anisotropy mode).
anisotropyFree	number

MCP-Integration

Fügen Sie dieses Werkzeug Ihrem Model-Context-Protocol-Server hinzu, damit KI-Agenten es auflisten und aufrufen können.

Serverkonfiguration

Fügen Sie diesen Block Ihrer MCP-Client-Konfiguration hinzu:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-dna-binding-affinity": {
      "name": "protein-dna-binding-affinity",
      "description": "Schätzt das Kd aus einem Messpunkt gemäß 1:1-Gleichgewicht: bei Proteinüberschuss gilt f = [P]÷([P]+Kd), also Kd = [P]×(1−f)÷f; bei f = 0,5 entspricht das Kd der Proteinkonzentration. Zwei Eingaben: gebundener Anteil direkt (0–1) oder Fluoreszenzanisotropie f = (r−rfrei)÷(rgeb.−rfrei). Ergänzt ΔG° = RT·ln(Kd) (standardmäßig 25 °C). Bereiche: <1 nM sehr fest, 1–100 nM fest (typische Ziele von Transkriptionsfaktoren), 100 nM–1 µM mäßig, >1 µM schwach (Salz und poly(dI-dC)-Wettbewerber prüfen). Annahmen: Gleichgewicht, 1:1, Protein im großen Überschuss; für vollständige Kurven die gesamte Titration fitten. Quellen: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Nur für Ausbildung.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-dna-binding-affinity",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Verfügbare Werkzeuge auflisten

Nach dem Verbinden mit dem SSE-Endpunkt listen Sie die bereitgestellten Werkzeuge auf:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Dieses Werkzeug aufrufen

Rufen Sie das Werkzeug über seine ID auf; Argumente werden aus seiner Parameterliste gebildet:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-dna-binding-affinity",
    "arguments": {
  "mode": "fraction",
  "proteinConcNm": 50,
  "fractionBound": 0.5,
  "anisotropy": 0.18,
  "anisotropyFree": 0.12,
  "anisotropyBound": 0.25,
  "temperatureC": 25,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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