Education

PCR-Primer-Tm-Rechner (Wallace / Nearest-Neighbor)

Berechnet die Schmelztemperatur (Tm) eines PCR-Primers mit zwei Methoden, beide werden ausgegeben: die Wallace-Regel Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (Schnellschätzung für kurze Oligos <14 nt, ohne Kontext, Konzentration und Salz) und die vereinheitlichte Nearest-Neighbor-Thermodynamik nach SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — mit 16 Stacking-Parametern, terminalen Initiierungstermen und Symmetriekorrektur für selbstkomplementäre Sequenzen; Primer- und Natriumkonzentration einstellbar (Methodenfamilie von Primer3). Zusätzlich GC-Gehalt, Basenzusammensetzung und empfohlene Ta = Tm − 5°C. Quellen: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Nur für Erstscreening.

json· JSON-ErgebnisWerkzeug öffnen

Schnellstart

Rufen Sie dieses Werkzeug aus Ihrem Code in drei Sprachen auf.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/pcr-primer-tm' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"sequence":"GTAAAACGACGGCCAGT","method":"nearest-neighbor","primerConcentrationNm":500,"sodiumConcentrationMm":50,"decimalPlaces":1}'

API-Referenz

Senden Sie eine POST-Anfrage mit Ihren Eingaben als JSON. Dateiparameter erfordern einen vorherigen Upload.

Endpunkt

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/pcr-primer-tm

Parameter

Name	Typ	Erforderlich	Beschreibung
sequence	text	Ja	DNA primer sequence, A/C/G/T only (case-insensitive); 5–60 nt.
method	select	Ja	Wallace for a quick short-oligo estimate; nearest-neighbor is the standard for primer design.
primerConcentrationNm	number	Ja	Primer strand concentration (nearest-neighbor method only).
sodiumConcentrationMm	number	Ja	[Na+] of the reaction buffer (nearest-neighbor method only).
decimalPlaces	number

MCP-Integration

Fügen Sie dieses Werkzeug Ihrem Model-Context-Protocol-Server hinzu, damit KI-Agenten es auflisten und aufrufen können.

Serverkonfiguration

Fügen Sie diesen Block Ihrer MCP-Client-Konfiguration hinzu:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-pcr-primer-tm": {
      "name": "pcr-primer-tm",
      "description": "Berechnet die Schmelztemperatur (Tm) eines PCR-Primers mit zwei Methoden, beide werden ausgegeben: die Wallace-Regel Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (Schnellschätzung für kurze Oligos <14 nt, ohne Kontext, Konzentration und Salz) und die vereinheitlichte Nearest-Neighbor-Thermodynamik nach SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — mit 16 Stacking-Parametern, terminalen Initiierungstermen und Symmetriekorrektur für selbstkomplementäre Sequenzen; Primer- und Natriumkonzentration einstellbar (Methodenfamilie von Primer3). Zusätzlich GC-Gehalt, Basenzusammensetzung und empfohlene Ta = Tm − 5°C. Quellen: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Nur für Erstscreening.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=pcr-primer-tm",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Verfügbare Werkzeuge auflisten

Nach dem Verbinden mit dem SSE-Endpunkt listen Sie die bereitgestellten Werkzeuge auf:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Dieses Werkzeug aufrufen

Rufen Sie das Werkzeug über seine ID auf; Argumente werden aus seiner Parameterliste gebildet:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "pcr-primer-tm",
    "arguments": {
  "sequence": "GTAAAACGACGGCCAGT",
  "method": "nearest-neighbor",
  "primerConcentrationNm": 500,
  "sodiumConcentrationMm": 50,
  "decimalPlaces": 1
}
  }
}

Werkzeuge durchsuchen Werkzeug öffnen