Какие последовательности поддерживаются?

ДНК-последовательности длиной от 4 до 200 нт, содержащие A, C, G и T. Пробелы удаляются автоматически.

Как работает автоматический режим?

Для последовательностей короче 14 нт он выбирает правило Уоллеса, а для последовательностей от 14 нт — формулу с солевой поправкой.

Зачем указывать концентрацию натрия?

Концентрация Na⁺ влияет на расчёт по солевой формуле. В правиле Уоллеса она не используется.

Что показывает результат?

Результат включает выбранную оценку Tm, метод, GC-содержание, длину, состав и обе оценки Tm.

Можно ли использовать расчёт для точного подбора праймера?

Нет. Это приближённые оценки для обучения и предварительного планирования; для точного проектирования нужна термодинамика ближайших соседей.

Elysia Tools

Навигация

Education

Калькулятор Tm олигонуклеотидов (солевая поправка)

Две классические оценки Tm: правило Уоллеса Tm = 2×(A+T) + 4×(G+C) (короткие олиги <14 нт, без зависимости от соли) и формула с солевой поправкой Tm = 81.5 + 16.6×log₁₀[Na⁺] + 0.41×(%ГЦ) − 600/n (Sambrook 1989, с. 11.46, как в Primer3; член длины 500–675/n в разных источниках). Автоматический режим выбирает по длине. Выводит %ГЦ, состав и обе оценки. Обе — приближения; для точности проектирования используйте термодинамику ближайших соседей (инструмент pcr-primer-tm). Допущения: ДНК, без неспаренностей, без формамида/ДМСО, [Na⁺] 0.01–1 М. Источники: Wallace 1979, von Ahsen 2001, Sambrook & Maniatis, OligoCalc. Только для обучения.

Запуск

Запустить этот инструмент

Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.

Подготовленные примеры запуска

Нажмите пример, чтобы автоматически заполнить форму. Файлы по-прежнему нужно загрузить.

2 примеров

20-мер ATGC-повтор, 50 мМ Na⁺ → Tm с поправкой = 50.4 °C

20-мер ATGCATGCATGCATGCATGC (50% ГЦ) при 50 мМ натрия даёт Tm = 81.5 + 16.6·log₁₀(0.05) + 0.41×50 − 600/20 = 50.40 °C по формуле Сэмбрука — автоматический режим выбирает её, так как олиго ≥14 нт. Правило Уоллеса дало бы 60 °C — видно, насколько ниже оценка при низкой ионной силе; при 20 мМ соли оценка уйдёт ниже 45 °C.

{"result":"Tm ≈ 50.4 °C (salt-corrected, 50% GC, 20 nt, 50 mM Na⁺).","metadata":{"input":{"sequence":"ATGCATGCATGCATGCATGC","method":"auto","sodiumMm":50},"result":{"tmC":50.4,"methodUsed":"salt-corrected","gcPercent":50,"length":20,"wallaceTmC":60,"saltCorrectedTmC":50.4}}}

10-мер ACGTACGTAC → авто выбирает Уоллеса, Tm = 30 °C

10-мерный зонд (ACGTACGTAC, 50% ГЦ) слишком короткий для члена длины солевой формулы, поэтому автоматический режим возвращается к правилу Уоллеса: Tm = 2×5 + 4×5 = 30 °C. Пример демонстрирует переключение по порогу длины и объясняет, почему зонды <14 нт плохи для гибридизации — их дуплексы едва выживают при температуре тела.

{"result":"Tm ≈ 30 °C (Wallace rule, 50% GC, 10 nt).","metadata":{"input":{"sequence":"ACGTACGTAC","method":"auto","sodiumMm":50},"result":{"tmC":32,"methodUsed":"wallace","gcPercent":60,"length":10,"wallaceTmC":32,"saltCorrectedTmC":20.4}}}

Ввод

Заполните нужные поля и запустите инструмент.

4 параметров

СодержимоеВставьте или введите основные значения.1

Последовательность олигонуклеотида (5'→3')textОбязательноDNA sequence, A/C/G/T only (spaces stripped, case-insensitive), 4–200 nt.

НастройкиНастройте форматы, диапазоны, числа и режимы.3

Метод расчёта TmselectОбязательноAuto uses Wallace below 14 nt and the salt-corrected formula from 14 nt up.Концентрация натрия (мМ)numberОбязательноTotal [Na⁺] (or equivalent monovalent) of the buffer; used by the salt-corrected formula.Знаков после запятойnumberНеобязательно

Результат

Готово к запуску

После запуска здесь появятся файлы, текст, структурированные данные или потоковый вывод.

Примеры

Примеры для этого инструмента

Связано

Калькулятор Tm олигонуклеотидов (солевая поправка)

Запустить этот инструмент

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Примеры для этого инструмента

Продолжить с похожими инструментами и темами

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.

Ключевые факты

Обзор

Когда использовать

Как это работает

Сценарии использования

Примеры

1. 20-мер с 50 мМ Na⁺

2. Короткий 10-мер по правилу Уоллеса

FAQ

Примеры Обработки Изображений Web Python

Примеры Обработки Изображений Android Java

Примеры Обработки Изображений Android Kotlin

Примеры Обработки Изображений Web Rust

Калькулятор температуры отжига ПЦР (Ta = Tm − 5°C)

Анализатор родословных аутосомно-доминантного наследования

Калькулятор риска аутосомно-рецессивного наследования

Калькулятор подсчёта клеток в камере Горяева

Инструменты кодирования и конвертации аудио

Инструменты конвертации форматов изображений и анимированного экспорта

Инструменты JSON-обмена и перевода форматов

Инструменты перевода цветовых пространств для веба и печати