Quais sequências posso inserir?

Insira uma sequência de DNA com 4 a 200 nt, formada apenas por A, C, G e T. Espaços são removidos e maiúsculas e minúsculas são aceitas.

Como o modo automático escolhe o método?

Para sequências menores que 14 nt, usa a regra de Wallace. A partir de 14 nt, usa a fórmula corrigida por sal.

Por que informar a concentração de sódio?

A concentração de sódio é usada para calcular a estimativa de Tm corrigida por sal. A regra de Wallace não depende desse valor.

A Tm calculada é exata?

Não. São estimativas aproximadas para fins educacionais; elas não substituem cálculos termodinâmicos de vizinhos mais próximos.

Que faixa de sódio é considerada?

A ferramenta pressupõe uma concentração de Na⁺ entre 0,01 e 1 M, equivalente a 10 a 1.000 mM.

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Calculadora de Tm de oligonucleotídeos (correção por sal)

Duas estimativas clássicas de Tm: a regra de Wallace Tm = 2×(A+T) + 4×(G+C) (oligos curtos <14 nt, sem dependência de sal) e a fórmula corrigida por sal Tm = 81.5 + 16.6×log₁₀[Na⁺] + 0.41×(%G+C) − 600/n (Sambrook 1989 p. 11.46, a mesma do Primer3; o termo de comprimento varia 500–675/n conforme a fonte). O modo automático escolhe pelo comprimento. Retorna %GC, composição e ambas as estimativas. São aproximações — para precisão de projeto use termodinâmica de vizinhos mais próximos (ferramenta pcr-primer-tm). Premissas: DNA, sem pareamentos incorretos, sem formamida/DMSO, [Na⁺] 0.01–1 M. Fontes: Wallace 1979, von Ahsen 2001, Sambrook & Maniatis, OligoCalc. Apenas para educação.

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2 exemplos

20-mer repetição ATGC, 50 mM Na⁺ → Tm corrigida = 50.4 °C

O 20-mer ATGCATGCATGCATGCATGC (50% GC) com 50 mM de sódio dá Tm = 81.5 + 16.6·log₁₀(0.05) + 0.41×50 − 600/20 = 50.40 °C pela fórmula de Sambrook — o modo automático a escolhe por o oligo ter ≥14 nt. A regra de Wallace daria 60 °C, mostrando quanto mais baixa é a estimativa corrigida em baixa força iônica; a 20 mM cai abaixo de 45 °C.

{"result":"Tm ≈ 50.4 °C (salt-corrected, 50% GC, 20 nt, 50 mM Na⁺).","metadata":{"input":{"sequence":"ATGCATGCATGCATGCATGC","method":"auto","sodiumMm":50},"result":{"tmC":50.4,"methodUsed":"salt-corrected","gcPercent":50,"length":20,"wallaceTmC":60,"saltCorrectedTmC":50.4}}}

10-mer ACGTACGTAC → automático escolhe Wallace, Tm = 30 °C

Uma sonda de 10 nt (ACGTACGTAC, 50% GC) é curta demais para o termo de comprimento da fórmula salina, então o modo automático recorre à regra de Wallace: Tm = 2×5 + 4×5 = 30 °C. O exemplo mostra a troca pelo limiar de comprimento e por que sondas <14 nt hibridizam mal — seus dúplex mal sobrevivem à temperatura corporal.

{"result":"Tm ≈ 30 °C (Wallace rule, 50% GC, 10 nt).","metadata":{"input":{"sequence":"ACGTACGTAC","method":"auto","sodiumMm":50},"result":{"tmC":32,"methodUsed":"wallace","gcPercent":60,"length":10,"wallaceTmC":32,"saltCorrectedTmC":20.4}}}

Entradas

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4 opções

ConteúdoCole ou digite os valores principais.1

Sequência do oligonucleotídeo (5'→3')textObrigatórioDNA sequence, A/C/G/T only (spaces stripped, case-insensitive), 4–200 nt.

ConfiguraçõesAjuste formatos, intervalos, números e modos.3

Método de TmselectObrigatórioAuto uses Wallace below 14 nt and the salt-corrected formula from 14 nt up.Concentração de sódio (mM)numberObrigatórioTotal [Na⁺] (or equivalent monovalent) of the buffer; used by the salt-corrected formula.Casas decimaisnumberOpcional

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1. Estimativa de Tm para um oligonucleotídeo de 20 nt

2. Regra de Wallace para uma sequência curta

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