Explorez le repliement des proteines via les entonnoirs du paysage energetique, le modele HP et la minimisation d'energie libre
Les proteines se replient depuis des chaines desordonnees vers des structures 3D uniques. La structure native correspond au minimum global d'energie libre G.
Le paysage energetique est une surface en entonnoir mappant chaque conformation a son energie libre. L'entonnoir guide le repliement.
Le coeur du modele HP classe les residus en Hydrophobes (H) ou Polaires (P) et utilise les contacts H-H non lies comme terme principal. Cette page conserve ce coeur et ajoute en option un bonus simplifie de contact P-P comme proxy pedagogique de stabilisation supplementaire.
Comprendre les paysages energetiques permet la conception rationnelle de medicaments ciblant le minimum d'energie de l'etat natif.
AlphaFold (2020) a revolutionne la prediction de structure proteique en apprenant le paysage energetique a partir de donnees evolutives.
Observez le reseau 2D: les residus H (orange) tentent de se regrouper tandis que les P (bleu) restent exposes. Le paysage place l'energie face a la compacite dans un entonnoir schematique.
1) Commencez avec 'Ideal' et observez le repliement rapide. 2) Passez a 'Frustré' pour voir les pieges cinetiques. 3) Augmentez la temperature relative. 4) Augmentez le bonus polaire pour voir comment le modele change l'entonnoir.