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Calculadora de Tm de cebadores PCR (Wallace / vecinos más cercanos)

Calcula la temperatura de fusión (Tm) de cebadores de PCR con dos métodos, ambos informados: la regla de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimación rápida para oligos cortos <14 nt, ignora contexto, concentración y sal) y el método termodinámico de vecinos más cercanos unificado de SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15, con los 16 parámetros de apilamiento, términos de iniciación terminal y corrección de simetría para autocomplementarios; permite fijar concentración del cebador y de sodio (familia usada por Primer3). También entrega contenido GC, composición de bases y Ta sugerida = Tm − 5°C. Fuentes: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Solo para tamizado inicial.

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Inicio rápido

Llama a esta herramienta desde tu código en tres lenguajes.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/pcr-primer-tm' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"sequence":"GTAAAACGACGGCCAGT","method":"nearest-neighbor","primerConcentrationNm":500,"sodiumConcentrationMm":50,"decimalPlaces":1}'

Referencia de la API

Envía una petición POST con tus entradas en JSON. Los parámetros de tipo archivo requieren una subida previa.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/pcr-primer-tm

Parámetros

Nombre	Tipo	Obligatorio	Descripción
sequence	text	Sí	DNA primer sequence, A/C/G/T only (case-insensitive); 5–60 nt.
method	select	Sí	Wallace for a quick short-oligo estimate; nearest-neighbor is the standard for primer design.
primerConcentrationNm	number	Sí	Primer strand concentration (nearest-neighbor method only).
sodiumConcentrationMm	number	Sí	[Na+] of the reaction buffer (nearest-neighbor method only).
decimalPlaces	number

Integración MCP

Añade esta herramienta a tu servidor Model Context Protocol para que los agentes de IA puedan listarla y llamarla.

Configuración del servidor

Añade este bloque a la configuración de tu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-pcr-primer-tm": {
      "name": "pcr-primer-tm",
      "description": "Calcula la temperatura de fusión (Tm) de cebadores de PCR con dos métodos, ambos informados: la regla de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimación rápida para oligos cortos <14 nt, ignora contexto, concentración y sal) y el método termodinámico de vecinos más cercanos unificado de SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15, con los 16 parámetros de apilamiento, términos de iniciación terminal y corrección de simetría para autocomplementarios; permite fijar concentración del cebador y de sodio (familia usada por Primer3). También entrega contenido GC, composición de bases y Ta sugerida = Tm − 5°C. Fuentes: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Solo para tamizado inicial.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=pcr-primer-tm",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar herramientas disponibles

Tras conectar al endpoint SSE, lista las herramientas expuestas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Llamar a esta herramienta

Invoca la herramienta por su id; los argumentos se construyen a partir de sus parámetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "pcr-primer-tm",
    "arguments": {
  "sequence": "GTAAAACGACGGCCAGT",
  "method": "nearest-neighbor",
  "primerConcentrationNm": 500,
  "sodiumConcentrationMm": 50,
  "decimalPlaces": 1
}
  }
}

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