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Simulador del efecto cuello de botella (pérdida de heterocigosidad)

Simula la pérdida esperada de heterocigosidad tras un cuello de botella (esperanza determinista). Bajo deriva Wright-Fisher ideal, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) por generación, luego H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g; el tamaño efectivo por media armónica Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) queda dominado por el mínimo; F acumulado = 1 − H_final/H₀. Para un alelo de frecuencia p, la supervivencia a UNA generación de cuello es 1 − (1−p)^(2Nb); los alelos raros se pierden primero. Casos clásicos: foca elefante del norte (~20 supervivientes en 1890), guepardo, nēnē Hawái, bisonte europeo, atolón Pingelap. Fuentes: Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Solo uso educativo.

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Inicio rápido

Llama a esta herramienta desde tu código en tres lenguajes.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/bottleneck-effect-simulator' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"initialHeterozygosity":0.5,"bottleneckSize":20,"bottleneckGenerations":5,"recoverySize":2000,"recoveryGenerations":10,"alleleFrequency":0.1,"decimalPlaces":4}'

Referencia de la API

Envía una petición POST con tus entradas en JSON. Los parámetros de tipo archivo requieren una subida previa.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/es/api/tools/bottleneck-effect-simulator

Parámetros

Nombre	Tipo	Obligatorio	Descripción
initialHeterozygosity	number	Sí	Heterozygosity before the bottleneck (0 < H₀ ≤ 1).
bottleneckSize	number	Sí	Census size during the bottleneck (Nb).
bottleneckGenerations	number	Sí	Number of generations spent at the bottleneck size (t).
recoverySize	number	Sí	Census size after recovery (Nr).
recoveryGenerations	number

Integración MCP

Añade esta herramienta a tu servidor Model Context Protocol para que los agentes de IA puedan listarla y llamarla.

Configuración del servidor

Añade este bloque a la configuración de tu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-bottleneck-effect-simulator": {
      "name": "bottleneck-effect-simulator",
      "description": "Simula la pérdida esperada de heterocigosidad tras un cuello de botella (esperanza determinista). Bajo deriva Wright-Fisher ideal, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) por generación, luego H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g; el tamaño efectivo por media armónica Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) queda dominado por el mínimo; F acumulado = 1 − H_final/H₀. Para un alelo de frecuencia p, la supervivencia a UNA generación de cuello es 1 − (1−p)^(2Nb); los alelos raros se pierden primero. Casos clásicos: foca elefante del norte (~20 supervivientes en 1890), guepardo, nēnē Hawái, bisonte europeo, atolón Pingelap. Fuentes: Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Solo uso educativo.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=bottleneck-effect-simulator",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar herramientas disponibles

Tras conectar al endpoint SSE, lista las herramientas expuestas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Llamar a esta herramienta

Invoca la herramienta por su id; los argumentos se construyen a partir de sus parámetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "bottleneck-effect-simulator",
    "arguments": {
  "initialHeterozygosity": 0.5,
  "bottleneckSize": 20,
  "bottleneckGenerations": 5,
  "recoverySize": 2000,
  "recoveryGenerations": 10,
  "alleleFrequency": 0.1,
  "decimalPlaces": 4
}
  }
}

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