1. 20-mer bei 50 mM Natrium
Studierende der MolekularbiologieHintergrund
Ein 20 nt langes DNA-Oligonukleotid mit 50 % GC-Anteil soll unter einer definierten Salzbedingung grob bewertet werden.
Aufgabe
Die passende Tm-Schätzung und der Unterschied zwischen Wallace-Regel und Salzkorrektur sollen sichtbar werden.
Verwendung
Die Sequenz ATGCATGCATGCATGCATGC eingeben, den Automatikmodus wählen, 50 mM Natrium festlegen und zwei Dezimalstellen auswählen.
Sequenz: ATGCATGCATGCATGCATGC; Methode: Automatisch; Natrium: 50 mM; Dezimalstellen: 2Ergebnis
Der Rechner erkennt ein 20-mer mit 50 % GC und verwendet automatisch die salzkorrigierte Formel. Die salzkorrigierte Tm-Schätzung beträgt etwa 50,4 °C; die Wallace-Schätzung liegt bei 60 °C.