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Protein-Extinktionskoeffizienten-Rechner (ε280)

Berechnet ε280 nach Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×nCystin (M⁻¹cm⁻¹, typische Genauigkeit ±5%). Cystine sind disulfidverbrückte Cys-Paare und zählen nur im oxidierten Zustand (⌊Cys/2⌋); das Tool liefert den voll-reduzierten und den voll-oxidierten Wert, um den realen Zustand einzugrenzen. Der Sequenzmodus zählt W/Y/C und berechnet die Molekülmasse mit den ProtParam-Durchschnittsmassen; der Zählmodus nimmt Restanzahlen und eine optionale Masse. Enthält A0.1% = ε/MW (Absorption von 1 mg/mL), also c = A/ε für den Rückschluss auf die Konzentration. Achtung: Proteine ohne Trp/Tyr haben nahezu null ε280 (A205 oder BCA verwenden) und Nukleinsäurekontamination (A260) korrigieren. Quellen: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Nur für Ausbildung.

json· JSON-ErgebnisWerkzeug öffnen

Schnellstart

Rufen Sie dieses Werkzeug aus Ihrem Code in drei Sprachen auf.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/protein-extinction-coefficient' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"sequence","sequence":"GIVEQCCTSICSLYQLENYCN","trpCount":1,"tyrCount":2,"cysCount":4,"cysState":"reduced","molecularWeightKDa":0,"decimalPlaces":2}'

API-Referenz

Senden Sie eine POST-Anfrage mit Ihren Eingaben als JSON. Dateiparameter erfordern einen vorherigen Upload.

Endpunkt

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/de/api/tools/protein-extinction-coefficient

Parameter

Name	Typ	Erforderlich	Beschreibung
mode	select	Ja	Count W/Y/C from a sequence, or enter residue counts directly.
sequence	textarea	Ja	One-letter codes, 20 standard residues (FASTA headers, whitespace, and '*' are stripped); sequence mode.
trpCount	number	Ja	Number of tryptophans (counts mode); each contributes 5500 M⁻¹cm⁻¹.
tyrCount	number	Ja	Number of tyrosines (counts mode); each contributes 1490 M⁻¹cm⁻¹.
cysCount	number

MCP-Integration

Fügen Sie dieses Werkzeug Ihrem Model-Context-Protocol-Server hinzu, damit KI-Agenten es auflisten und aufrufen können.

Serverkonfiguration

Fügen Sie diesen Block Ihrer MCP-Client-Konfiguration hinzu:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-extinction-coefficient": {
      "name": "protein-extinction-coefficient",
      "description": "Berechnet ε280 nach Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×nCystin (M⁻¹cm⁻¹, typische Genauigkeit ±5%). Cystine sind disulfidverbrückte Cys-Paare und zählen nur im oxidierten Zustand (⌊Cys/2⌋); das Tool liefert den voll-reduzierten und den voll-oxidierten Wert, um den realen Zustand einzugrenzen. Der Sequenzmodus zählt W/Y/C und berechnet die Molekülmasse mit den ProtParam-Durchschnittsmassen; der Zählmodus nimmt Restanzahlen und eine optionale Masse. Enthält A0.1% = ε/MW (Absorption von 1 mg/mL), also c = A/ε für den Rückschluss auf die Konzentration. Achtung: Proteine ohne Trp/Tyr haben nahezu null ε280 (A205 oder BCA verwenden) und Nukleinsäurekontamination (A260) korrigieren. Quellen: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Nur für Ausbildung.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-extinction-coefficient",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Verfügbare Werkzeuge auflisten

Nach dem Verbinden mit dem SSE-Endpunkt listen Sie die bereitgestellten Werkzeuge auf:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Dieses Werkzeug aufrufen

Rufen Sie das Werkzeug über seine ID auf; Argumente werden aus seiner Parameterliste gebildet:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-extinction-coefficient",
    "arguments": {
  "mode": "sequence",
  "sequence": "GIVEQCCTSICSLYQLENYCN",
  "trpCount": 1,
  "tyrCount": 2,
  "cysCount": 4,
  "cysState": "reduced",
  "molecularWeightKDa": 0,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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