Calculateur de score LOD (analyse de liaison)

Calculateur de score LOD (analyse de liaison) | Outil en ligne gratuit | Elysia Tools

Guide d'utilisation de l'outil

Découvrez quand utiliser cet outil, ce qu'il prend en charge et comment les utilisateurs l'appliquent.

Points clés

Catégorie: Education
Types d’entrée: select, number
Type de sortie: json
Exemples associés: 4
API disponible: Oui

Aperçu

Ce calculateur réalise une analyse de liaison génétique deux-points à partir des nombres de méioses recombinantes et non recombinantes. Il estime le LOD maximal et θ̂, ou calcule le score LOD pour une valeur fixe de θ, puis interprète le résultat selon les seuils classiques de Morton.

Quand l’utiliser

Estimer la fraction de recombinaison θ̂ = r/N et le score LOD maximal d’un échantillon.
Tester une hypothèse de liaison à une fraction de recombinaison θ donnée.
Comparer une série de scores grâce au tableau de la courbe LOD pour θ de 0,05 à 0,45.

Fonctionnement

1Choisissez le mode LOD maximal ou LOD à θ fixe.
2Saisissez les nombres de méioses recombinantes et non recombinantes.
3En mode fixe, indiquez une fraction de recombinaison comprise entre 0 et 0,5, puis choisissez le nombre de décimales.
4Le calculateur renvoie le score LOD, les valeurs associées et une conclusion selon les seuils Z ≥ 3, Z ≤ −2 ou non concluant.

Cas d’usage

Vérifier un exercice de génétique mendélienne portant sur une liaison deux-points.
Évaluer si des données de méioses soutiennent une liaison entre un marqueur et un locus.
Examiner comment le score LOD varie selon différentes hypothèses de fraction de recombinaison.

Exemples

1. Estimation d’une liaison avec 2 recombinants sur 20 méioses

Étudiant en génétique

Contexte

Un échantillon contient 2 méioses recombinantes et 18 méioses non recombinantes.

Problème

Estimer la fraction de recombinaison et déterminer si les observations soutiennent une liaison.

Utilisation

Sélectionner « LOD maximal », saisir 2 recombinants, 18 non recombinants et demander 4 décimales.

Mode : LOD maximal ; recombinants : 2 ; non recombinants : 18 ; décimales : 4.

Résultat

Le calcul donne θ̂ = 0,1 et Zmax ≈ 3,197, soit une preuve significative de liaison selon le seuil Z ≥ 3.

2. Test d’une liaison à θ = 0,1

Enseignant en génétique

Contexte

Un jeu de données comprend 10 méioses recombinantes et 10 non recombinantes.

Problème

Évaluer spécifiquement l’hypothèse d’une fraction de recombinaison égale à 0,1.

Utilisation

Sélectionner « Évaluer le LOD à θ fixe », saisir 10 recombinants, 10 non recombinants, θ = 0,1 et 4 décimales.

FAQ

Qu’est-ce qu’un score LOD ?

C’est le logarithme décimal du rapport de vraisemblance entre une liaison à θ et l’absence de liaison à θ = 0,5.

Quelle est la différence entre les deux modes ?

Le mode maximal estime θ̂ = r/N et Zmax, tandis que le mode fixe évalue le LOD pour la valeur de θ saisie.

Comment interpréter le résultat ?

Z ≥ 3 soutient significativement la liaison, Z ≤ −2 fournit une preuve contre la liaison testée, et une valeur intermédiaire est non concluante.

Que représente N dans la formule ?

N est le nombre total de méioses informatives, soit la somme des recombinantes et des non recombinantes.

Ce résultat peut-il servir à un diagnostic clinique ?

Non. Le calculateur est destiné à un usage éducatif uniquement.

Mode : θ fixe ; recombinants : 10 ; non recombinants : 10 ; θ : 0,1 ; décimales : 4.

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Exemples

1. Estimation d’une liaison avec 2 recombinants sur 20 méioses

2. Test d’une liaison à θ = 0,1

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