Qu’est-ce qu’un score LOD ?

C’est le logarithme décimal du rapport de vraisemblance entre une liaison à θ et l’absence de liaison à θ = 0,5.

Quelle est la différence entre les deux modes ?

Le mode maximal estime θ̂ = r/N et Zmax, tandis que le mode fixe évalue le LOD pour la valeur de θ saisie.

Comment interpréter le résultat ?

Z ≥ 3 soutient significativement la liaison, Z ≤ −2 fournit une preuve contre la liaison testée, et une valeur intermédiaire est non concluante.

Que représente N dans la formule ?

N est le nombre total de méioses informatives, soit la somme des recombinantes et des non recombinantes.

Ce résultat peut-il servir à un diagnostic clinique ?

Non. Le calculateur est destiné à un usage éducatif uniquement.

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Calculateur de score LOD (analyse de liaison)

Analyse de liaison deux-points par scores LOD : LOD(θ) = log10[θ^r(1−θ)^(N−r) / 0.5^N], avec r méioses recombinantes et N méioses informatives totales. L'estimation du maximum de vraisemblance est θ̂ = r/N ; calcule le LOD maximal (Zmax) ou le LOD à θ fixe, avec un tableau de la courbe LOD pour θ = 0.05–0.45. Seuils classiques (Morton 1955) : Z ≥ 3 preuve significative de liaison (1000:1) ; Z ≤ −2 preuve significative contre ; entre les deux, non concluant. Sources : Morton 1955, Ott 1999, Griffiths, StatPearls. Usage éducatif uniquement.

Exécution

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2 exemples

Liaison significative : 2 recombinants sur 20 méioses (Zmax = 3.20)

Échantillon de liaison à phase connue : 2 méioses recombinantes et 18 non recombinantes. La fraction de recombinaison MLE est θ̂ = 2/20 = 0.10 et le LOD maximal Zmax = log10[0.1²×0.9¹⁸ / 0.5²⁰] = 3.197. Comme Zmax ≥ 3, preuve significative de liaison (rapport ≥ 1000:1), à environ 10 cM.

{"result":"LOD analysis: 2/20 recombinants, θ̂=0.1, Zmax=3.197 → significant evidence FOR linkage.","metadata":{"input":{"recombinantCount":2,"nonRecombinantCount":18},"result":{"mleTheta":0.1,"maxLod":3.197,"conclusion":"significant evidence for linkage"}}}

Liaison exclue : 10 recombinants sur 20 méioses (LOD = −4.44 à θ = 0.1)

Un marqueur non lié donne 10 méioses recombinantes et 10 non recombinantes (r/N = 0.5, libre recombinaison). À θ = 0.1 : LOD = log10[0.1¹⁰×0.9¹⁰ / 0.5²⁰] = −4.437. Comme le LOD ≤ −2 à ce θ, la liaison à 10 cM est exclue ; à θ̂ = 0.5 le LOD vaut 0, conforme à l'absence de liaison.

{"result":"LOD analysis: 10/20 recombinants, LOD(0.1)=−4.437 → significant evidence AGAINST linkage at θ=0.1.","metadata":{"input":{"recombinantCount":10,"nonRecombinantCount":10,"theta":0.1},"result":{"lod":-4.437,"conclusion":"significant evidence against linkage"}}}

Entrées

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5 réglages

RéglagesAjustez formats, plages, nombres et modes.5

Mode θselectRequisReport the maximum LOD at θ̂ = r/N, or evaluate the LOD at a fixed θ.RecombinantsnumberRequisNumber of recombinant meioses observed (r).Non recombinantsnumberRequisNumber of non-recombinant meioses observed.Fraction de recombinaison θnumberRequisRecombination fraction at which to evaluate the LOD in fixed-θ mode (0 < θ < 0.5).DécimalesnumberOptionnel

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1. Estimation d’une liaison avec 2 recombinants sur 20 méioses

2. Test d’une liaison à θ = 0,1

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