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Calculadora de Tm de oligonucleótidos (corrección por sal)
Dos estimaciones clásicas de Tm: la regla de Wallace Tm = 2×(A+T) + 4×(G+C) (oligos cortos <14 nt, sin dependencia de sal) y la fórmula con corrección por sal Tm = 81.5 + 16.6×log₁₀[Na⁺] + 0.41×(%G+C) − 600/n (Sambrook 1989 p.11.46, la misma de Primer3; el término de longitud varía 500–675/n según la fuente). El modo automático elige por longitud. Devuelve %GC, composición y ambas estimaciones. Son aproximaciones — para precisión de diseño use termodinámica de vecinos más cercanos (herramienta pcr-primer-tm). Supuestos: ADN, sin desapareamientos, sin formamida/DMSO, [Na⁺] 0.01–1 M. Fuentes: Wallace 1979, von Ahsen 2001, Sambrook & Maniatis, OligoCalc. Solo para educación.
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Guía de uso de la herramienta
Conoce cuándo usar esta herramienta, qué admite y cómo la aplican los usuarios.
Datos clave
Categoría
Education
Tipos de entrada
text, select, number
Tipo de salida
json
Cobertura de ejemplos
4
API disponible
Sí
Resumen
Calcula una estimación de la temperatura de fusión (Tm) de un oligonucleótido de ADN a partir de su secuencia, longitud, contenido GC y concentración de sodio. Incluye la regla de Wallace, una fórmula con corrección por sal y un modo automático que selecciona el método según la longitud.
Cuándo usarlo
Estimar rápidamente la Tm de un oligonucleótido de ADN de 4 a 200 nucleótidos.
Comparar la estimación de Wallace con la fórmula de Tm corregida por concentración de sodio.
Consultar el contenido GC, la composición de bases y la Tm calculada para una planificación experimental educativa.
Cómo funciona
1Introduce una secuencia de ADN formada por A, C, G y T; los espacios se eliminan y las minúsculas se aceptan.
2Selecciona el método: automático, regla de Wallace o fórmula con corrección por sal.
3Indica la concentración total de sodio del tampón en mM, especialmente cuando uses la fórmula corregida por sal.
4La herramienta devuelve la longitud, el porcentaje GC, la composición, ambas estimaciones y el método utilizado, con los decimales elegidos.
Casos de uso
Clases de biología molecular para relacionar longitud, composición GC y temperatura de fusión.
Planificación preliminar de sondas u oligonucleótidos de ADN antes de realizar cálculos más avanzados.
Comparación del efecto de distintas concentraciones de sodio sobre la Tm estimada.
Ejemplos
1. Estimación de Tm para un oligonucleótido de 20 nt
Estudiante de biología molecular
Contexto
Un estudiante quiere estimar la Tm de la secuencia repetida ATGC en un tampón con 50 mM de sodio.
Problema
Necesita conocer la Tm calculada y comparar la regla de Wallace con la fórmula corregida por sal.
Cómo usarlo
Introduce ATGCATGCATGCATGCATGC, selecciona el modo automático e indica 50 mM de sodio.
La secuencia tiene 20 nt y 50% de GC. El modo automático usa la fórmula corregida por sal y calcula una Tm aproximada de 50,4 °C; la regla de Wallace estima 60 °C.
2. Regla de Wallace para un oligonucleótido corto
Docente de laboratorio
Contexto
Una clase analiza una sonda de 10 nt para observar cómo cambia el método recomendado según la longitud.
Problema
Se necesita una estimación rápida de Tm para una secuencia corta y su composición GC.
Cómo usarlo
Introduce ACGTACGTAC, deja el método en automático y conserva la concentración de sodio en 50 mM.
Preguntas frecuentes
¿Qué secuencias acepta la calculadora?
Acepta secuencias de ADN de 4 a 200 nt compuestas únicamente por A, C, G y T. También admite espacios y minúsculas.
¿Qué método selecciona el modo automático?
Usa la regla de Wallace para oligonucleótidos de menos de 14 nt y la fórmula con corrección por sal a partir de 14 nt.
¿Cómo influye la concentración de sodio?
La concentración de sodio se usa en la fórmula corregida por sal. En este cálculo, una concentración menor suele producir una Tm estimada más baja.
¿Qué resultados muestra?
Muestra la Tm seleccionada, el método utilizado, el porcentaje GC, la longitud, la composición de bases y las estimaciones de Wallace y corregida por sal.
¿Estas estimaciones sirven para diseñar cebadores con precisión?
No. Son aproximaciones educativas; para diseño preciso se recomienda un cálculo termodinámico de vecinos más cercanos.
La secuencia tiene 10 nt y 60% de GC. El modo automático selecciona la regla de Wallace y devuelve una Tm aproximada de 32 °C.
3. Comparación de la Tm al cambiar el sodio
Investigador en formación
Contexto
Un investigador compara las condiciones de sal de un tampón para una secuencia de 20 nt.
Problema
Quiere observar cómo la concentración de sodio modifica la estimación corregida por sal.
Cómo usarlo
Introduce ATGCATGCATGCATGCATGC, selecciona la fórmula con corrección por sal y repite el cálculo con distintas concentraciones de sodio.
Resultado
La herramienta conserva el porcentaje GC y la longitud de la secuencia, mientras que la Tm corregida por sal cambia según la concentración de sodio introducida.