Какие последовательности можно анализировать?

Используйте однобуквенные коды аминокислот. Поддерживаются 20 стандартных аминокислот и отдельный подсчёт кодов неоднозначности B, J, O, U, X и Z.

Как рассчитывается GRAVY?

GRAVY — это среднее значение гидропатии остатков по шкале Kyte–Doolittle 1982. Значение выше нуля указывает на гидрофобный сдвиг, ниже нуля — на гидрофильный.

Включаются ли неоднозначные коды в проценты?

Нет. B, J, O, U, X и Z подсчитываются отдельно и исключаются из расчёта мольных процентов стандартных аминокислот.

Можно ли вставить последовательность с пробелами или разделителями?

Да. Пробелы и символы *, - и . игнорируются.

Что задаёт параметр «Знаков после запятой»?

Он определяет количество знаков после запятой в числовых результатах анализа; доступно от 0 до 8 знаков.

Elysia Tools

Навигация

Education

Анализатор аминокислотного состава

Анализирует состав последовательности: подсчёт и мольные проценты каждой из 20 стандартных аминокислот; суммы по группам (основные K/R/H, кислые D/E, ароматические F/W/Y, серосодержащие C/M, алифатические A/I/L/V, амидные N/Q, гидроксильные S/T, прочие G/P); GRAVY по значениям гидропатии Kyte–Doolittle 1982 (>0 гидрофобный сдвиг, <0 гидрофильный; растворимые глобулярные белки обычно между −1 и +0,3); плюс молекулярная масса по таблице средних масс ProtParam. Коды неоднозначности (B/J/O/U/X/Z) считаются отдельно и исключаются из процентов. Источники: Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Только для обучения.

Запуск

Запустить этот инструмент

Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.

Подготовленные примеры запуска

Нажмите пример, чтобы автоматически заполнить форму. Файлы по-прежнему нужно загрузить.

2 примеров

His-метка: H = 35 мол.%, S = 25 мол.%, GRAVY = −1,19

Метка 6×His MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH в таблице состава явно полярна: один гистидин даёт 7/20 = 35 мол.% (блок 6×His плюс C-концевой гис), серин 5/20 = 25 мол.%. GRAVY по Кайту–Дулиттлу = −23,8/20 = −1,19 — выраженно гидрофильна, что и нужно для аффинной метки, доступной растворителю на поверхности свёрнутого белка.

{"result":"Composition of 20 residues: H 35.00 mol%, S 25.00 mol%, G 15.00 mol%; GRAVY = −1.19 (hydrophilic).","metadata":{"result":{"length":20,"counts":{"H":7,"S":5,"G":3},"molPercent":{"H":35},"gravy":-1.19}}}

Полиаланин AAAAAAAAAA: GRAVY = +1,80, A = 100 мол.%

Дека-аланин — проверка здравого смысла для гидропатии: аланин (1,80 по шкале Кайта–Дулиттла) при 100 мол.% даёт GRAVY ровно +1,80 и алифатическую группу 10/10. Такие гомополимерные оценки редко встречаются в реальных последовательностях — природный белок со средним выше +0,5 по всей длине обычно мембранный или нерастворимый.

{"result":"Composition of 10 residues: A 100.00 mol%; GRAVY = 1.8 (hydrophobic).","metadata":{"result":{"length":10,"counts":{"A":10},"molPercent":{"A":100},"gravy":1.8}}}

Ввод

Заполните нужные поля и запустите инструмент.

2 параметров

СодержимоеВставьте или введите основные значения.1

Последовательность аминокислотtextareaОбязательноOne-letter amino-acid sequence (case-insensitive; spaces and * - . separators are ignored).

НастройкиНастройте форматы, диапазоны, числа и режимы.1

Знаков после запятойnumberНеобязательно

Результат

Готово к запуску

После запуска здесь появятся файлы, текст, структурированные данные или потоковый вывод.

Примеры

Примеры для этого инструмента

Связано

Анализатор аминокислотного состава

Запустить этот инструмент

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Примеры для этого инструмента

Продолжить с похожими инструментами и темами

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.

Ключевые факты

Обзор

Когда использовать

Как это работает

Сценарии использования

Примеры

1. Анализ метки 6×His

2. Проверка полиаланина

FAQ

Образцы Анализатора Путей

Примеры Обработки Изображений Web Python

Примеры Анализатора URL-запросов

Примеры Обработки Изображений Android Java

Анализатор среднего объёма тромбоцитов (MPV)

Анализатор ширины распределения эритроцитов (RDW)

Калькулятор t-теста

Симулятор эффекта бутылочного горлышка (потеря гетерозиготности)

Инструменты для количественного анализа белков, ферментной кинетики и анализа последовательностей

Инструменты для штрихкодов, QR-кодов и этикеток

Инструменты кодирования и конвертации аудио

Инструменты конвертации форматов изображений и анимированного экспорта