Quels caractères puis-je saisir ?

Saisissez une séquence d’acides aminés à une lettre. La casse est ignorée, tout comme les espaces et les séparateurs *, - et .

Comment les pourcentages molaires sont-ils calculés ?

Ils sont calculés à partir des acides aminés standards reconnus dans la séquence. Les codes d’ambiguïté sont exclus du dénominateur.

Que signifie un score GRAVY positif ?

Un score GRAVY supérieur à zéro indique une tendance hydrophobe moyenne, tandis qu’un score négatif indique une tendance hydrophile.

Quels groupes d’acides aminés sont analysés ?

L’outil regroupe les résidus basiques, acides, aromatiques, soufrés, aliphatiques, amides, hydroxyles et autres.

À quoi sert le réglage des décimales ?

Il permet de choisir le nombre de décimales affichées dans les résultats numériques, de 0 à 8.

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Analyseur de composition en acides aminés

Analyse la composition d'une séquence : comptages et pourcentages molaires de chacun des 20 acides aminés standards ; totaux par groupe (basiques K/R/H, acides D/E, aromatiques F/W/Y, soufrés C/M, aliphatiques A/I/L/V, amides N/Q, hydroxyles S/T, autres G/P) ; GRAVY selon les valeurs d'hydropathie de Kyte–Doolittle 1982 (>0 tendance hydrophobe, <0 hydrophile ; les globulaires solubles se situent entre −1 et +0,3) ; et la masse moléculaire via la table ProtParam. Les codes d'ambiguïté (B/J/O/U/X/Z) sont comptés à part et exclus des pourcentages. Sources : Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Uniquement à but éducatif.

Exécution

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2 exemples

Étiquette His : H = 35 mol %, S = 25 mol %, GRAVY = −1,19

L'étiquette 6×His MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH est visiblement polaire dans la table de composition : l'histidine seule compte pour 7/20 = 35 mol % (le bloc 6×His plus le His C-terminal) et la sérine 5/20 = 25 mol %. Le GRAVY de Kyte–Doolittle est de −23,8/20 = −1,19, nettement hydrophile — exactement ce qu'on attend d'une étiquette d'affinité exposée au solvant à la surface d'une protéine repliée.

{"result":"Composition of 20 residues: H 35.00 mol%, S 25.00 mol%, G 15.00 mol%; GRAVY = −1.19 (hydrophilic).","metadata":{"result":{"length":20,"counts":{"H":7,"S":5,"G":3},"molPercent":{"H":35},"gravy":-1.19}}}

Polyalanine AAAAAAAAAA : GRAVY = +1,80, A = 100 mol %

Un segment de déca-alanine sert de test d'hydropathie : l'alanine (1,80 sur l'échelle Kyte–Doolittle) à 100 mol % fixe le GRAVY à +1,80 et le groupe aliphatique à 10/10. De tels scores d'homopolymère persistent rarement dans les séquences réelles — une protéine naturelle dépassant +0,5 en moyenne sur toute sa longueur est généralement membranaire ou insoluble.

{"result":"Composition of 10 residues: A 100.00 mol%; GRAVY = 1.8 (hydrophobic).","metadata":{"result":{"length":10,"counts":{"A":10},"molPercent":{"A":100},"gravy":1.8}}}

Entrées

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2 réglages

ContenuCollez ou saisissez les valeurs principales.1

Séquence d'acides aminéstextareaRequisOne-letter amino-acid sequence (case-insensitive; spaces and * - . separators are ignored).

RéglagesAjustez formats, plages, nombres et modes.1

DécimalesnumberOptionnel

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1. Analyse d’une étiquette 6×His

2. Mesure de l’hydropathie d’une polyalanine

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