Quelles séquences puis-je saisir ?

Une séquence d’ADN de 4 à 200 nt contenant uniquement A, C, G et T. Les espaces sont supprimés automatiquement.

Quelle formule est utilisée en mode automatique ?

Wallace est utilisée sous 14 nt ; la formule corrigée du sel est utilisée à partir de 14 nt.

Pourquoi renseigner la concentration en sodium ?

Elle intervient dans la formule corrigée du sel et doit représenter le sodium total, ou un équivalent monovalent, du tampon.

Le résultat convient-il pour concevoir une amorce ?

Il s’agit d’une approximation éducative. Pour une conception précise, utilisez une méthode thermodynamique des plus proches voisins.

Quelles sont les hypothèses du calcul ?

Le calcul suppose de l’ADN sans mésappariement, sans formamide ni DMSO, avec une concentration en sodium comprise entre 0,01 et 1 M.

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Calculateur de Tm d'oligonucléotides (correction saline)

Deux estimations classiques du Tm : la règle de Wallace Tm = 2×(A+T) + 4×(G+C) (oligos courts <14 nt, sans dépendance au sel) et la formule corrigée du sel Tm = 81.5 + 16.6×log₁₀[Na⁺] + 0.41×(%G+C) − 600/n (Sambrook 1989 p. 11.46, la même que Primer3 ; le terme de longueur varie de 500 à 675/n selon les sources). Le mode automatique choisit selon la longueur. Renvoie %GC, composition et les deux estimations. Ce sont des approximations — pour une précision de conception, utiliser la thermodynamique plus proches voisins (outil pcr-primer-tm). Hypothèses : ADN, sans mésappariement, sans formamide/DMSO, [Na⁺] 0.01–1 M. Sources : Wallace 1979, von Ahsen 2001, Sambrook & Maniatis, OligoCalc. Uniquement pour l'éducation.

Exécution

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Exécutions d’exemple préparées

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2 exemples

20-mère répétition ATGC, 50 mM Na⁺ → Tm corrigée = 50.4 °C

Le 20-mère ATGCATGCATGCATGCATGC (50% GC) à 50 mM de sodium donne Tm = 81.5 + 16.6·log₁₀(0.05) + 0.41×50 − 600/20 = 50.40 °C par la formule de Sambrook — le mode automatique la choisit car l'oligo fait ≥14 nt. La règle de Wallace donnerait 60 °C, montrant combien l'estimation corrigée est plus basse à faible force ionique ; à 20 mM de sel elle passe sous 45 °C.

{"result":"Tm ≈ 50.4 °C (salt-corrected, 50% GC, 20 nt, 50 mM Na⁺).","metadata":{"input":{"sequence":"ATGCATGCATGCATGCATGC","method":"auto","sodiumMm":50},"result":{"tmC":50.4,"methodUsed":"salt-corrected","gcPercent":50,"length":20,"wallaceTmC":60,"saltCorrectedTmC":50.4}}}

10-mère ACGTACGTAC → l'auto choisit Wallace, Tm = 30 °C

Une sonde de 10 nt (ACGTACGTAC, 50% GC) est trop courte pour le terme de longueur de la formule saline : le mode automatique revient donc à la règle de Wallace, Tm = 2×5 + 4×5 = 30 °C. L'exemple montre la bascule du seuil de longueur et pourquoi les sondes de <14 nt hybrident mal — leurs duplex survivent à peine à température corporelle.

{"result":"Tm ≈ 30 °C (Wallace rule, 50% GC, 10 nt).","metadata":{"input":{"sequence":"ACGTACGTAC","method":"auto","sodiumMm":50},"result":{"tmC":32,"methodUsed":"wallace","gcPercent":60,"length":10,"wallaceTmC":32,"saltCorrectedTmC":20.4}}}

Entrées

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4 réglages

ContenuCollez ou saisissez les valeurs principales.1

Séquence de l'oligonucléotide (5'→3')textRequisDNA sequence, A/C/G/T only (spaces stripped, case-insensitive), 4–200 nt.

RéglagesAjustez formats, plages, nombres et modes.3

Méthode de TmselectRequisAuto uses Wallace below 14 nt and the salt-corrected formula from 14 nt up.Concentration de sodium (mM)numberRequisTotal [Na⁺] (or equivalent monovalent) of the buffer; used by the salt-corrected formula.DécimalesnumberOptionnel

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1. Oligonucléotide de 20 nt avec correction saline

2. Séquence courte de 10 nt avec règle de Wallace

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Calculateur de numération cellulaire à l'hémocytomètre

Outils d encodage et de conversion audio

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Outils d interchange JSON et de traduction de formats

Outils de conversion d'espaces colorimetriques pour web et impression

3. Vérification de la composition d’un oligonucléotide