Elysia Tools
Навигация
Education
Вычисляет каталитическую эффективность kcat/Km (М⁻¹с⁻¹) — кажущуюся константу второго порядка при низком субстрате и честную меру предпочтения субстрата ферментом. Два входа: прямой kcat (с⁻¹ или мин⁻¹) и Km (нМ/мкМ/мМ); или из Vmax(мкМ/мин) ÷ [E](мкМ) получить kcat и разделить на Km. Диапазоны (М⁻¹с⁻¹): <10³ неэффективно (возможен неверный субстрат или артефакт), 10³–10⁵ умеренно, 10⁵–10⁷ эффективно (хорошо эволюционированные ферменты), 10⁷–10⁸ очень эффективно, ≥10⁸ у предела диффузии (10⁸–10⁹) — «каталитически совершенно» (триозофосфатизомераза, карбоангидраза, ацетилхолинэстераза). Справедливо только в стационаре при Km ≫ [E]. Источники: Fersht, Knowles & Albery 1977, Radzicka & Wolfenden 1995. Только для обучения.
Запуск
Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.
Примеры
Связано
Руководство по использованию инструмента
Калькулятор каталитической эффективности рассчитывает отношение kcat/Km в М⁻¹с⁻¹. Введите kcat и Km напрямую либо укажите Vmax, концентрацию фермента и Km, чтобы сначала получить kcat. Результат помогает сравнивать эффективность ферментов и предпочтение разных субстратов.
Контекст
Для гидролазы известны kcat = 1000 с⁻¹ и Km = 100 мкМ.
Проблема
Нужно получить kcat/Km и определить диапазон эффективности.
Как использовать
Выберите режим «Прямой ввод kcat + Km», укажите kcat 1000 с⁻¹ и Km 100 мкМ.
kcat = 1000 с⁻¹; Km = 100 мкМРезультат
Калькулятор выдаёт kcat/Km ≈ 1,00 × 10⁷ М⁻¹с⁻¹. Это соответствует очень высокой эффективности.
Контекст
В насыщенном тесте измерены Vmax = 50 мкМ/мин и [E] = 2 мкМ; Km равен 25 мкМ.
Проблема
Нужно рассчитать kcat без предварительного перевода Vmax вручную.
Как использовать
Выберите режим «Vmax + [E] + Km», введите Vmax 50 мкМ/мин, [E] 2 мкМ и Km 25 мкМ.
Vmax = 50 мкМ/мин; [E] = 2 мкМ; Km = 25 мкМЭто кажущаяся константа второго порядка и показатель эффективности фермента при низкой концентрации субстрата.
kcat можно указать в с⁻¹ или мин⁻¹. Значение в мин⁻¹ переводится в с⁻¹ автоматически.
Поддерживаются нМ, мкМ и мМ. Для результата Km приводится к молям.
В режиме Vmax используется формула kcat = Vmax ÷ [E], где Vmax задан в мкМ/мин, а [E] — в мкМ.
Расчёт корректен для стационарного режима при условии Km ≫ [E]. Инструмент предназначен только для обучения.
Результат
Получается kcat ≈ 0,4167 с⁻¹ и kcat/Km ≈ 1,67 × 10⁴ М⁻¹с⁻¹ — умеренная эффективность.