¿Qué datos necesita la calculadora?

Necesita el número de meiosis recombinantes, el número de meiosis no recombinantes y el modo de cálculo de θ. En el modo fijo también requiere un valor de θ.

¿Qué representa θ̂?

Es la estimación de máxima verosimilitud de la fracción de recombinación y se calcula como θ̂ = r/N.

¿Cómo se interpreta un LOD de 3 o más?

Indica evidencia significativa de ligamiento, con una razón de verosimilitudes de al menos 1000:1.

¿Qué significa un LOD de −2 o menor?

Indica evidencia significativa en contra del ligamiento en el valor de θ evaluado.

¿Qué significa un LOD entre −2 y 3?

El resultado se considera inconcluso según los umbrales clásicos de Morton.

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Calculadora de puntaje LOD (análisis de ligamiento)

Análisis de ligamiento de dos puntos mediante puntajes LOD: LOD(θ) = log10[θ^r(1−θ)^(N−r) / 0.5^N], con r meiosis recombinantes y N meiosis informativas totales. La estimación de máxima verosimilitud es θ̂ = r/N; calcula el LOD máximo (Zmax) o el LOD en un θ fijo, con tabla de la curva LOD para θ = 0.05–0.45. Umbrales clásicos (Morton 1955): Z ≥ 3 evidencia significativa de ligamiento (1000:1); Z ≤ −2 evidencia significativa en contra; entre ambos, inconcluso. Fuentes: Morton 1955, Ott 1999, Griffiths, StatPearls. Solo uso educativo.

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2 ejemplos

Ligamiento significativo: 2 recombinantes en 20 meiosis (Zmax = 3.20)

Muestra de ligamiento con fase conocida: 2 meiosis recombinantes y 18 no recombinantes. La fracción de recombinación MLE es θ̂ = 2/20 = 0.10 y el LOD máximo Zmax = log10[0.1²×0.9¹⁸ / 0.5²⁰] = 3.197. Como Zmax ≥ 3, hay evidencia significativa de ligamiento (razón ≥ 1000:1), a unos 10 cM.

{"result":"LOD analysis: 2/20 recombinants, θ̂=0.1, Zmax=3.197 → significant evidence FOR linkage.","metadata":{"input":{"recombinantCount":2,"nonRecombinantCount":18},"result":{"mleTheta":0.1,"maxLod":3.197,"conclusion":"significant evidence for linkage"}}}

Ligamiento excluido: 10 recombinantes en 20 meiosis (LOD = −4.44 en θ = 0.1)

Un marcador no ligado produce 10 meiosis recombinantes y 10 no recombinantes (r/N = 0.5, recombinación libre). En θ = 0.1: LOD = log10[0.1¹⁰×0.9¹⁰ / 0.5²⁰] = −4.437. Como el LOD ≤ −2 en este θ, se excluye ligamiento a 10 cM; en θ̂ = 0.5 el LOD es 0, consistente con ausencia de ligamiento.

{"result":"LOD analysis: 10/20 recombinants, LOD(0.1)=−4.437 → significant evidence AGAINST linkage at θ=0.1.","metadata":{"input":{"recombinantCount":10,"nonRecombinantCount":10,"theta":0.1},"result":{"lod":-4.437,"conclusion":"significant evidence against linkage"}}}

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5 opciones

AjustesAjusta formatos, rangos, números y modos.5

Modo de θselectObligatorioReport the maximum LOD at θ̂ = r/N, or evaluate the LOD at a fixed θ.RecombinantesnumberObligatorioNumber of recombinant meioses observed (r).No recombinantesnumberObligatorioNumber of non-recombinant meioses observed.Fracción de recombinación θnumberObligatorioRecombination fraction at which to evaluate the LOD in fixed-θ mode (0 < θ < 0.5).DecimalesnumberOpcional

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1. Ligamiento significativo con 2 recombinantes en 20 meiosis

2. Evaluación de ligamiento en θ = 0,10

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