# 蛋白-DNA 结合亲和力计算器（Kd 估算）

按 1:1 结合平衡从单点数据估算 Kd：当蛋白过量时结合分数 f = [P]÷([P]+Kd)，故 Kd = [P]×(1−f)÷f；f = 0.5 时 Kd 恰等于蛋白浓度。两种输入：直接输入结合分数（0–1），或由荧光各向异性 f = (r−r游离)÷(r结合−r游离) 换算。附带 ΔG° = RT·ln(Kd)（默认 25°C）。判读：<1 nM 极强、1–100 nM 强（典型转录因子/核酸酶靶点）、100 nM–1 µM 中等、>1 µM 弱（查盐浓度、poly(dI-dC) 竞争）。假设：平衡、1:1、蛋白远过量；完整滴定曲线应整体拟合。来源：Cantor & Schimmel、Heyduk & Lee 1990、Lakowicz。仅供教学与实验规划。

> 标准页面: https://elysiatools.com/zh/tools/protein-dna-binding-affinity

- **分类:** Education

- **关键词:** 蛋白 DNA 结合亲和力, Kd 计算器, 解离常数估算, 结合分数 各向异性, 荧光各向异性 结合, 结合自由能 ΔG, 转录因子 DNA 结合, 平衡解离常数, 1:1 结合模型, 分子生物学, 实验计算器

## 概述

蛋白-DNA 结合亲和力计算器根据 1:1 平衡模型和单点数据估算解离常数 Kd，并计算 25°C（可调整温度）下的标准结合自由能 ΔG°。你可以直接输入结合分数，或根据荧光各向异性数据换算结合分数。

## 输入项

- **计算模式** (select): Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.
- **蛋白浓度（nM）** (number): Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).
- **结合分数（0–1）** (number): Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).
- **实测各向异性（r）** (number): Anisotropy of the sample (anisotropy mode).
- **游离态各向异性（r free）** (number): Anisotropy of the unbound labeled DNA alone.
- **结合态各向异性（r bound）** (number): Anisotropy of the fully bound complex (protein-saturated).
- **温度（°C）** (number): Incubation temperature, used for ΔG° = RT·ln(Kd).
- **小数位数** (number)

## 适用场景

- 已有单点蛋白浓度和结合分数，需要快速估算 Kd。
- 通过荧光各向异性测得游离态、结合态和样品读数，需要换算结合比例。
- 进行蛋白-DNA 实验规划，比较不同样品的亲和力区间和 ΔG°。

## 工作原理

- 选择“结合分数（0–1）”或“荧光各向异性”计算模式。
- 输入蛋白浓度；直接模式输入结合分数，异向性模式输入实测、游离态和结合态各向异性。
- 工具按 Kd = \[P\]×(1−f)÷f 计算 Kd；异向性模式先按 f = (r−r游离)÷(r结合−r游离)换算 f。
- 输入温度后，工具同时计算 ΔG° = RT·ln(Kd)，并返回 Kd、结合分数和 ΔG°。

## 使用案例

- 转录因子与特定 DNA 靶序列的亲和力初步估算。
- 用荧光各向异性数据评估标记 DNA 的结合比例和 Kd。
- 在实验规划中比较纳摩尔级蛋白-DNA 相互作用并计算 ΔG°。

## 常见问题

### 这个工具计算什么？

它根据单点 1:1 结合数据估算蛋白-DNA 解离常数 Kd，并计算标准结合自由能 ΔG°。

### 结合分数的有效范围是多少？

直接输入的结合分数必须严格大于 0 且小于 1。

### 如何用荧光各向异性计算结合分数？

使用 f = (r−r游离)÷(r结合−r游离)，因此需要同时输入样品、游离态和结合态各向异性。

### 默认温度是多少？

默认温度为 25°C；该温度用于计算 ΔG°，也可以输入其他温度。

### 结果能否代替完整滴定曲线拟合？

不能。该工具适用于单点估算；完整滴定曲线应对整条曲线进行拟合，并确认平衡、1:1 和蛋白过量等假设。

## 相关工具

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- [引文生成器](https://elysiatools.com/zh/tools/citation-generator): 从 DOI、ISBN、URL 或手动填写的元数据生成 APA 7、MLA 9、Chicago、IEEE、BibTeX 和 RIS 格式引文。
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## 示例

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- [无版权MP3音频样本](https://elysiatools.com/zh/samples/mp3-samples): 免费使用和测试的无版权音频样本集合，包括自然声音、冥想音乐和环境音频，适用于测试和开发目的
- [无版权WAV音频样本](https://elysiatools.com/zh/samples/wav-samples): 用于测试与开发的未压缩 WAV 音频样本集合，包含自然声音与冥想音乐

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