# Калькулятор аффинности белок-ДНК (оценка Kd)

Оценивает Kd по одной точке для равновесия 1:1: при избытке белка f = [P]÷([P]+Kd), значит Kd = [P]×(1−f)÷f; при f = 0.5 Kd равен концентрации белка. Два входа: доля связанной ДНК (0–1) или флуоресцентная анизотропия f = (r−rсвоб.)÷(rсвяз.−rсвоб.). Добавляет ΔG° = RT·ln(Kd) (по умолчанию 25 °C). Диапазоны: <1 нМ очень прочное, 1–100 нМ прочное (типичные мишени факторов транскрипции), 100 нМ–1 мкМ умеренное, >1 мкМ слабое (проверить соль и конкурент poly(dI-dC)). Допущения: равновесие, 1:1, большой избыток белка; для полных кривых аппроксимируйте всю титрацию. Источники: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Только для обучения.

> Каноническая страница: https://elysiatools.com/ru/tools/protein-dna-binding-affinity

- **Категория:** Education

- **Ключевые слова:** аффинность белок днк, калькулятор kd, оценка константы диссоциации, доля связывания анизотропия, флуоресцентная анизотропия связывание, свободная энергия δg, фактор транскрипции связывание днк, константа диссоциации, модель связывания 1:1, молекулярная биология, лабораторный калькулятор

## Обзор

Калькулятор оценивает константу диссоциации Kd для связывания белка с ДНК по одной точке в модели 1:1. Введите долю связанной ДНК напрямую или рассчитайте её по данным флуоресцентной анизотропии; инструмент также вычислит ΔG° при заданной температуре.

## Входные данные

- **Режим расчёта** (select): Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.
- **Концентрация белка (нМ)** (number): Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).
- **Доля связывания (0–1)** (number): Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).
- **Измеренная анизотропия (r)** (number): Anisotropy of the sample (anisotropy mode).
- **Анизотропия свободного состояния (r своб.)** (number): Anisotropy of the unbound labeled DNA alone.
- **Анизотропия связанного состояния (r связ.)** (number): Anisotropy of the fully bound complex (protein-saturated).
- **Температура (°C)** (number): Incubation temperature, used for ΔG° = RT·ln(Kd).
- **Знаков после запятой** (number)

## Когда использовать

- Чтобы быстро оценить Kd по одной измеренной доле связанной ДНК.
- Чтобы перевести значения флуоресцентной анизотропии в долю связывания и затем получить Kd.
- Чтобы ориентировочно сравнить силу взаимодействия по диапазону Kd и рассчитать ΔG°.

## Как это работает

- Выберите режим: «Доля связанной» или «Флуоресцентная анизотропия».
- Введите концентрацию белка в нМ и необходимые значения связывания или анизотропии.
- Для режима анизотропии калькулятор находит f по формуле f = (r − rсвоб.) ÷ (rсвяз. − rсвоб.).
- Kd рассчитывается как \[P\] × (1 − f) ÷ f, после чего определяется ΔG° = RT·ln(Kd) при указанной температуре.

## Сценарии использования

- Первичная оценка связывания фактора транскрипции с последовательностью ДНК.
- Расчёт Kd по одной точке EMSA или измерению флуоресцентной анизотропии.
- Учебный разбор связи между долей связывания, концентрацией белка, Kd и ΔG°.

## Частые вопросы

### Какая модель используется для расчёта Kd?

Используется равновесная модель связывания 1:1 при большом избытке белка над меченой ДНК.

### Что означает значение f = 0,5?

При f = 0,5 оценённый Kd равен концентрации белка.

### Какие данные нужны для режима анизотропии?

Нужны измеренная анизотропия образца, а также значения для свободной и полностью связанной ДНК.

### Что показывает ΔG°?

Это оценка стандартной свободной энергии связывания, рассчитанная по Kd и заданной температуре.

### Можно ли заменить полной кривой связывания одну точку?

Нет. Одна точка даёт ориентировочную оценку; для полной кривой следует аппроксимировать всю титрацию.

## Связанные инструменты

- [Конвертер единиц активности фермента (U ↔ катал)](https://elysiatools.com/ru/tools/enzyme-unit-converter): Точное преобразование между единицами активности фермента: 1 U = 1 мкмоль/мин (IUB 1978), 1 кат = 1 моль/с (BIPM 1999), поэтому 1 U = 16,667 нкат, 1 мккат = 60 U и 1 кат = 6×10⁷ U. Введите значение в U/мU/мкU или кат/мкат/мккат/нкат/пкат — получите ту же активность сразу во всех остальных единицах. Чистый пересчёт масштаба без допущений об опыте; пригодится для статей и спецификаций реагентов. Источники: комитет IUB, BIPM 21-я ГКМВ, зелёная книга IUPAC. Только для обучения.
- [Калькулятор плотности клеток по OD600 (E. coli)](https://elysiatools.com/ru/tools/od600-cell-density): Пересчитывает мутность OD600 в концентрацию клеток и сухой вес (CDW): нормированная OD = показание × фактор разведения ÷ длина пути; клеток/мл = OD × клеток на единицу OD (по умолчанию 1×10⁹, типично для E. coli); CDW г/л = OD × г/л на единицу OD (по умолчанию 0.36, BioNumbers 109837; диапазон 0.3–0.5). Оба коэффициента редактируются — они зависят от штамма, среды и прибора; значения по умолчанию самосогласованы: 0.36 г/л ÷ 10⁹ кл/мл = 0.36 пг/клетку. Показания OD > 1 помечаются как вне линейного диапазона (Sigma-Aldrich). Источники: BioNumbers 109835/109837, Agilent/VectorBuilder. Калибруйте собственной кривой OD-КОЕ. Только для обучения.
- [Калькулятор изоэлектрической точки белка (pI)](https://elysiatools.com/ru/tools/protein-isoelectric-point): Вычисляет теоретическую изоэлектрическую точку по аминокислотному составу: суммарный заряд по Гендерсону–Хассельбалу для каждой ионизируемой группы (упрощённый набор pKa ExPASy/Bjellqvist: N-конец 7.5, K 10.0, R 12.0, H 5.98; C-конец 3.55, D 4.05, E 4.45, C 9.0, Y 10.0) и бисекция до нулевого заряда. Также даёт заряд при физиологическом pH 7.4, среднюю молекулярную массу (таблица ProtParam + вода) и классификацию кислый/основный. Ограничения: pKa развёрнутой цепи, без посттрансляционных модификаций; набор pKa и алгоритм бисекции идентичны Biopython IsoelectricPoint (результаты совпадают численно), тогда как полный набор Бьеллквиста в ExPASy различает концевые остатки и может немного отличаться. Источники: Bjellqvist 1993, Gasteiger 2003 (ExPASy), Biopython IsoelectricPoint. Только для обучения.
- [Генератор цитат](https://elysiatools.com/ru/tools/citation-generator): Создаёт цитаты APA 7, MLA 9, Chicago, IEEE, BibTeX и RIS из DOI, ISBN, URL или ручных метаданных.
- [Калькулятор температуры отжига ПЦР (Ta = Tm − 5°C)](https://elysiatools.com/ru/tools/annealing-temperature-calculator): Вычисляет температуру отжига (Ta) ПЦР по двум правилам: простое лабораторное Ta = Tm − 5°C (берётся МЕНЬШИЙ Tm пары праймеров) и эмпирическая формула Рыхлика 1990: Ta = 0.3×Tm(праймера) + 0.7×Tm(продукта) − 14.9 (Tm продукта обычно 75–90°C; формула даёт на 1–8°C выше простого правила для типичных пар). Выводит рекомендуемую Ta, диапазон градиента ±3°C и направление подстройки: низкая Ta даёт неспецифичные полосы и димеры, высокая — нет продукта; держите разницу Tm праймеров в пределах 2–3°C и отжигайте по меньшему. Источники: Rychlik 1990, Innis & Gelfand 1990, Lorenz 2012. Только для планирования.
- [Анализатор родословных аутосомно-доминантного наследования](https://elysiatools.com/ru/tools/autosomal-dominant-pedigree): Вычисляет риск для потомства при аутосомно-доминантном (АД) наследовании и оценивает соответствие наблюдаемых чисел ожидаемому расщеплению. Генотипы родителей → ожидаемая доля: AA × любой = все больны; Aa × Aa = 3:1 (75%); Aa × aa = 1:1 (50%); aa × aa = никто. Наблюдаемые числа проверяются критерием хи-квадрат (df = 1, критическое 3.841). Признаки АД родословной: вертикальная передача, оба пола поражены одинаково, есть передача отец→сын (исключает X-сцепленный доминантный тип), здоровые не передают (кроме de novo). Примеры: хорея Гентингтона, ахондроплазия, синдром Марфана. Источники: Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls, OMIM. Только для обучения.
- [Калькулятор риска аутосомно-рецессивного наследования](https://elysiatools.com/ru/tools/autosomal-recessive-risk): Вычисляет вероятность рождения больного ребёнка (или хотя бы одного из n детей) с аутосомно-рецессивным заболеванием. Больной ребёнок (aa) должен получить рецессивный аллель от ОБОИХ родителей: P(ребёнок болен) = P(родитель 1 передаёт a) × P(родитель 2 передаёт a). Статусы: носитель (Aa), больной (aa), не носитель (AA), неизвестен (P(Aa)=c, P(aa)=c² по популяционной частоте). Два носителя → 25% на ребёнка, 50% носителей, P(носитель | здоров) = 2/3; хотя бы один из n = 1 − (1−r)^n. По умолчанию 0.04 (муковисцидоз 1/25). Источники: Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Только для обучения, не заменяет медико-генетическое консультирование.
- [Калькулятор подсчёта клеток в камере Горяева](https://elysiatools.com/ru/tools/cell-counting-hemocytometer): Переводит сырой подсчёт из камеры Горяева (улучшенная Нойбауэра) в концентрацию: клеток/мл = (всего подсчитано ÷ число квадратов) × разведение × 10⁴ (большой квадрат 1 мм² при глубине 0,1 мм вмещает ровно 0,1 мкл). Введите общий подсчёт, число квадратов (обычно 4 угловых или 5 с центральным) и кратность разведения; при желании — объём образца для общего числа клеток. Даёт советы по идеальной плотности 20–100 клеток на квадрат. Источники: руководство Freshney, геометрия камеры. Только для обучения.

## Примеры

- [Примеры Обработки Изображений Web Python](https://elysiatools.com/ru/samples/web-image-processing-python): Примеры обработки изображений Web Python используя PIL/Pillow включая чтение, сохранение, изменение размера и преобразование формата
- [FLAC Аудио Образцы Без Авторских Прав](https://elysiatools.com/ru/samples/flac-samples): Коллекция аудио FLAC без потерь для тестирования и разработки, включая звуки природы и медитативную музыку
- [MP3 Аудио Образцы Без Авторских Прав](https://elysiatools.com/ru/samples/mp3-samples): Коллекция аудио образцов без авторских прав для тестирования и разработки, включая звуки природы, медитативную музыку и фоновое аудио
- [WAV Аудио Образцы Без Авторских Прав](https://elysiatools.com/ru/samples/wav-samples): Коллекция аудио WAV без сжатия для тестирования и разработки, включая звуки природы и медитативную музыку

## Связанные материалы

- [Инструменты для количественного анализа белков, ферментной кинетики и анализа последовательностей](https://elysiatools.com/ru/hubs/protein-quantification-enzyme-kinetics-sequence-tools): Планируйте белковые анализы, переводите концентрации и анализируйте последовательности, активность, кинетику, ингибирование и связывание в одном лабораторном процессе.
- [Инструменты кодирования и конвертации аудио](https://elysiatools.com/ru/hubs/audio-convert): Сравните инструменты конвертации аудиоформатов, изменения битрейта, частоты дискретизации, смены кодека и экспорта в одном хабе.
- [Инструменты конвертации форматов изображений и анимированного экспорта](https://elysiatools.com/ru/hubs/image-convert): Сравните конвертеры JPG, PNG, GIF, AVIF, WebP, TIFF, ICO, base64 и инструменты экспорта анимированных изображений в одном хабе.
- [Инструменты JSON-обмена и перевода форматов](https://elysiatools.com/ru/hubs/json-convert): Сравните инструменты преобразования JSON для CSV, YAML, TOML, GraphQL, XML, Markdown, Excel, BSON, EDN и других структурированных форматов в одном хабе.