# Calculadora do coeficiente de extinção de proteínas (ε280)

Calcula ε280 segundo Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncistina (M⁻¹cm⁻¹, erro típico ±5%). Cistinas são pares de Cys em ponte dissulfeto e só contam no estado oxidado (⌊Cys/2⌋); a ferramenta devolve os valores totalmente reduzido e totalmente oxidado para limitar o estado real. O modo sequência conta W/Y/C e calcula a massa molecular com as massas médias ProtParam; o modo contagem recebe números de resíduos e massa opcional. Inclui A0.1% = ε/PM (absorbância de 1 mg/mL), ou seja c = A/ε para reverter à concentração. Atenção: proteínas sem Trp/Tyr têm ε280 quase nulo (use A205 ou BCA) e corrija contaminação por ácidos nucleicos (A260). Fontes: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Apenas para educação.

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- **Categoria:** Education

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## Visão geral

A Calculadora do coeficiente de extinção de proteínas (ε280) estima a absorbância molar a 280 nm a partir de uma sequência ou da contagem de Trp, Tyr e Cys. Ela apresenta os valores para estados totalmente reduzido e oxidado, além de A0.1% quando a massa molecular está disponível.

## Entradas

- **Modo de entrada** (select): Count W/Y/C from a sequence, or enter residue counts directly.
- **Sequência de proteína (códigos de uma letra)** (textarea): One-letter codes, 20 standard residues (FASTA headers, whitespace, and '*' are stripped); sequence mode.
- **Número de triptofanos (Trp)** (number): Number of tryptophans (counts mode); each contributes 5500 M⁻¹cm⁻¹.
- **Número de tirosinas (Tyr)** (number): Number of tyrosines (counts mode); each contributes 1490 M⁻¹cm⁻¹.
- **Número de cisteínas (Cys)** (number): Number of cysteines (counts mode); each disulfide pair contributes 125 M⁻¹cm⁻¹ when oxidized.
- **Estado das cisteínas** (select): Reduced cysteines contribute nothing; oxidized pairs (cystines) add 125 each.
- **Massa molecular (kDa, modo contagem)** (number): Protein molecular weight for the A0.1% conversion in counts mode; 0 skips it.
- **Casas decimais** (number)

## Quando usar

- Estimar ε280 antes de medir a concentração de uma proteína por A280.
- Comparar o efeito do estado reduzido ou oxidado das cisteínas na absorbância.
- Calcular A0.1% para uma sequência proteica ou para uma proteína com massa molecular conhecida.

## Como funciona

- Escolha o modo de entrada: sequência de proteína ou contagem de resíduos.
- No modo sequência, informe os códigos de uma letra; a ferramenta conta W, Y e C e estima a massa molecular.
- No modo contagem, informe o número de Trp, Tyr e Cys e, opcionalmente, a massa molecular em kDa.
- O cálculo aplica ε280 = 5500×Trp + 1490×Tyr + 125×cistina e mostra os valores reduzido, oxidado e A0.1% quando aplicável.

## Casos de uso

- Planejamento de medições de concentração por absorbância a 280 nm.
- Estimativa de propriedades ópticas de peptídeos e proteínas a partir da sequência.
- Avaliação do intervalo de ε280 quando o estado de oxidação das cisteínas não é conhecido.

## Perguntas frequentes

### O que é ε280?

É o coeficiente de extinção molar de uma proteína a 280 nm, expresso em M⁻¹cm⁻¹.

### Quais resíduos contribuem para ε280?

Triptofano, tirosina e cistinas em pontes dissulfeto contribuem para o cálculo.

### Como as cisteínas são consideradas?

Cisteínas reduzidas não contribuem; no estado oxidado, cada par de Cys forma uma cistina e contribui com 125 M⁻¹cm⁻¹.

### Posso usar uma sequência FASTA?

Sim. Cabeçalhos FASTA, espaços e o símbolo '*' são removidos antes da contagem dos resíduos padrão.

### O que significa A0.1%?

É a absorbância estimada de uma solução a 1 mg/mL, calculada como ε dividido pela massa molecular.

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