# Calculadora de afinidade proteína-DNA (estimativa de Kd) Estima o Kd a partir de um ponto segundo o equilíbrio 1:1: com proteína em excesso, f = [P]÷([P]+Kd), logo Kd = [P]×(1−f)÷f; com f = 0,5 o Kd iguala a concentração de proteína. Duas entradas: fração ligada direta (0–1) ou anisotropia de fluorescência f = (r−rlivre)÷(rligado−rlivre). Acrescenta ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por padrão). Faixas: <1 nM muito forte, 1–100 nM forte (alvos típicos de fatores de transcrição), 100 nM–1 µM moderada, >1 µM fraca (verificar sal e competidor poly(dI-dC)). Premissas: equilíbrio, 1:1, proteína em grande excesso; para curvas completas ajuste a titulação inteira. Fontes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Apenas para educação. > Página canônica: https://elysiatools.com/pt/tools/protein-dna-binding-affinity - **Categoria:** Education - **Palavras-chave:** afinidade proteína dna, calculadora kd, estimativa constante dissociação, fração ligada anisotropia, anisotropia de fluorescência ligação, energia livre ligação delta g, fator de transcrição ligação dna, constante de dissociação, modelo ligação 1:1, biologia molecular, calculadora laboratório ## Visão geral A Calculadora de afinidade proteína-DNA estima a constante de dissociação Kd a partir de um único ponto de equilíbrio 1:1, usando a fração ligada diretamente ou uma fração calculada por anisotropia de fluorescência. Também calcula ΔG° em função da temperatura informada e ajuda a interpretar a faixa de afinidade. ## Entradas - **Modo de cálculo** (select): Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values. - **Concentração de proteína (nM)** (number): Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA). - **Fração ligada (0–1)** (number): Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1). - **Anisotropia medida (r)** (number): Anisotropy of the sample (anisotropy mode). - **Anisotropia do estado livre (r livre)** (number): Anisotropy of the unbound labeled DNA alone. - **Anisotropia do estado ligado (r ligado)** (number): Anisotropy of the fully bound complex (protein-saturated). - **Temperatura (°C)** (number): Incubation temperature, used for ΔG° = RT·ln(Kd). - **Casas decimais** (number) ## Quando usar - Estimar o Kd quando você conhece a concentração de proteína e a fração de DNA marcado ligada. - Converter uma leitura de anisotropia em fração ligada e estimar a afinidade proteína-DNA. - Calcular ΔG° aproximado para um ponto experimental a uma temperatura definida. ## Como funciona - Selecione o modo de cálculo: fração ligada direta ou anisotropia de fluorescência. - Informe a concentração total de proteína em nM e os valores necessários para o modo escolhido. - No modo de anisotropia, a ferramenta calcula f = (r − r livre) ÷ (r ligado − r livre). - A partir da fração ligada, calcula Kd = \[P\] × (1 − f) ÷ f e ΔG° = RT·ln(Kd). ## Casos de uso - Analisar dados pontuais de EMSA ou de anisotropia de fluorescência. - Comparar a afinidade estimada de diferentes proteínas ou sequências de DNA. - Planejar e interpretar experimentos educacionais de ligação molecular. ## Perguntas frequentes ### O que é o Kd? Kd é a constante de dissociação usada para descrever a afinidade entre uma proteína e o DNA. Valores menores indicam ligação mais forte. ### Quais dados posso inserir? Você pode inserir diretamente a fração ligada entre 0 e 1 ou informar a anisotropia medida, a anisotropia do estado livre e a do estado ligado. ### Como a fração ligada é calculada no modo de anisotropia? A ferramenta usa f = (r − r livre) ÷ (r ligado − r livre), comparando a amostra com os estados livre e totalmente ligado. ### O que significa f = 0,5? Quando metade do DNA está ligada, o modelo estima Kd igual à concentração de proteína usada. ### A calculadora ajusta uma curva completa de titulação? Não. Ela estima Kd a partir de um único ponto e pressupõe equilíbrio 1:1 com proteína em grande excesso. ## Ferramentas relacionadas - [Conversor de unidades de atividade enzimática (U ↔ katal)](https://elysiatools.com/pt/tools/enzyme-unit-converter): Converte com exatidão entre unidades de atividade enzimática: 1 U = 1 µmol/min (IUB 1978), 1 kat = 1 mol/s (BIPM 1999), logo 1 U = 16,667 nkat, 1 µkat = 60 U e 1 kat = 6×10⁷ U. Insira um valor em U/mU/µU ou kat/mkat/µkat/nkat/pkat e obtenha a mesma atividade em todas as demais unidades. Conversão pura de escala, sem suposições de ensaio, útil para manuscritos e fichas técnicas. Fontes: comitê IUB, BIPM 21.ª CGPM, livro verde IUPAC. Apenas para educação. - [Calculadora de densidade celular OD600 (E. coli)](https://elysiatools.com/pt/tools/od600-cell-density): Converte turbidez OD600 em concentração celular e peso seco (CDW): OD normalizada = leitura × fator de diluição ÷ trajeto óptico; células/mL = OD × células por unidade de OD (1×10⁹ padrão, valor usual de E. coli); CDW g/L = OD × g/L por unidade de OD (0.36 padrão, BioNumbers 109837; faixa 0.3–0.5). Os dois fatores são editáveis — cepa, meio e instrumento os alteram; os padrões são autoconsistentes: 0.36 g/L ÷ 10⁹ células/mL = 0.36 pg/célula. Leituras OD > 1 são marcadas fora da faixa linear (Sigma-Aldrich). Fontes: BioNumbers 109835/109837, Agilent/VectorBuilder. Calibre com sua própria curva OD-UCF. Apenas para educação. - [Calculadora de ponto isoelétrico de proteínas (pI)](https://elysiatools.com/pt/tools/protein-isoelectric-point): Calcula o ponto isoelétrico teórico a partir da composição de aminoácidos: carga líquida por Henderson–Hasselbalch em cada grupo ionizável (conjunto de pKa simplificado ExPASy/Bjellqvist: N-term 7.5, K 10.0, R 12.0, H 5.98; C-term 3.55, D 4.05, E 4.45, C 9.0, Y 10.0) e bisseção até carga zero. Também devolve a carga líquida no pH fisiológico 7.4, a massa molecular média (tabela ProtParam + água) e a leitura ácida/básica. Limitações: pKa de cadeia desdobrada, sem modificações pós-traducionais; o conjunto de pKa e o algoritmo de bisseção são idênticos ao Biopython IsoelectricPoint (resultados numericamente iguais), enquanto o conjunto completo de Bjellqvist do ExPASy distingue resíduos terminais e pode diferir levemente. Fontes: Bjellqvist 1993, Gasteiger 2003 (ExPASy), Biopython IsoelectricPoint. Apenas para educação. - [Gerador de citações](https://elysiatools.com/pt/tools/citation-generator): Gera citações APA 7, MLA 9, Chicago, IEEE, BibTeX e RIS a partir de DOI, ISBN, URL ou metadados manuais. - [Calculadora de temperatura de anelamento PCR (Ta = Tm − 5°C)](https://elysiatools.com/pt/tools/annealing-temperature-calculator): Calcula a temperatura de anelamento (Ta) da PCR por duas regras: a regra simples de bancada Ta = Tm − 5°C (usando o MENOR Tm do par de primers) e a fórmula empírica de Rychlik 1990: Ta = 0.3×Tm(primer) + 0.7×Tm(produto) − 14.9 (o Tm do produto costuma ser 75–90°C e a fórmula fica 1–8°C acima da regra simples em pares típicos). Fornece a Ta recomendada, faixa de gradiente ±3°C e a direção de ajuste: Ta baixa dá bandas inespecíficas e dímeros, alta sem produto; mantenha os dois Tm dentro de 2–3°C e anele pelo menor. Fontes: Rychlik 1990, Innis & Gelfand 1990, Lorenz 2012. Apenas planejamento experimental. - [Analisador de pedigree de herança autossômica dominante](https://elysiatools.com/pt/tools/autosomal-dominant-pedigree): Calcula o risco na descendência para herança autossômica dominante (AD) e avalia o ajuste das contagens observadas à proporção esperada. Genótipos parentais → proporção esperada: AA × qualquer = todos afetados; Aa × Aa = 3:1 (75%); Aa × aa = 1:1 (50%); aa × aa = nenhum. Contagens observadas permitem um teste qui-quadrado (df = 1, crítico 3.841). Marcas do pedigree AD: transmissão vertical, ambos os sexos igualmente afetados, transmissão homem-para-homem presente (exclui dominante ligado ao X), não afetados não transmitem (exceto mutação de novo). Exemplos: Huntington, acondroplasia, Marfan. Fontes: Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls, OMIM. Apenas uso educativo. - [Calculadora de risco de herança autossômica recessiva](https://elysiatools.com/pt/tools/autosomal-recessive-risk): Calcula a probabilidade de uma criança (ou pelo menos uma de n crianças) ser afetada por uma doença autossômica recessiva. Uma criança afetada (aa) deve receber um alelo recessivo de AMBOS os progenitores: P(criança afetada) = P(progenitor 1 transmite a) × P(progenitor 2 transmite a). Estados: portador (Aa), afetado (aa), não portador (AA), desconhecido (P(Aa)=c, P(aa)=c² pela frequência populacional). Dois portadores → 25% por filho, 50% portadores, P(portador | não afetado) = 2/3; pelo menos um de n = 1 − (1−r)^n. Padrão 0.04 (fibrose cística 1/25). Fontes: Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Apenas uso educativo, não substitui aconselhamento genético. - [Calculadora de contagem celular em hemocitômetro](https://elysiatools.com/pt/tools/cell-counting-hemocytometer): Converte contagens brutas da câmara de Neubauer melhorada em concentração: células/mL = (total contadas ÷ quadrados) × diluição × 10⁴ (cada quadrado de 1 mm² com 0,1 mm de profundidade contém exatamente 0,1 µL). Informe o total contado, o número de quadrados (geralmente 4 cantos ou 5 com o central) e a diluição; opcionalmente o volume para o total de células. Inclui conselhos pela densidade ideal de 20–100 células por quadrado. Fontes: manual Freshney, geometria Neubauer. Apenas para educação. ## Exemplos - [Exemplos de Processamento de Imagem Web Python](https://elysiatools.com/pt/samples/web-image-processing-python): Exemplos de processamento de imagem Web Python usando PIL/Pillow incluindo leitura, salvamento, redimensionamento e conversão de formato - [Amostras de Áudio FLAC Livres de Direitos Autorais](https://elysiatools.com/pt/samples/flac-samples): Coleção de áudio FLAC sem perdas para testes e desenvolvimento, incluindo sons da natureza e música de meditação - [Amostras de Áudio MP3 Livres de Direitos Autorais](https://elysiatools.com/pt/samples/mp3-samples): Coleção de amostras de áudio livres de direitos autorais para testes e desenvolvimento, incluindo sons da natureza, música de meditação e áudio ambiente - [Amostras de Áudio WAV Livres de Direitos Autorais](https://elysiatools.com/pt/samples/wav-samples): Coleção de áudio WAV sem compressão para testes e desenvolvimento, incluindo sons da natureza e música de meditação ## Conteúdo relacionado - [Ferramentas de quantificação de proteínas, cinética enzimática e análise de sequências](https://elysiatools.com/pt/hubs/protein-quantification-enzyme-kinetics-sequence-tools): Planeje ensaios de proteínas, converta concentrações e analise sequências, atividade, cinética, inibição e ligação em um único fluxo de laboratório. - [Ferramentas de codificacao e conversao de audio](https://elysiatools.com/pt/hubs/audio-convert): Compare conversao de formatos de audio, ajustes de bitrate, conversao de taxa de amostragem, troca de codec e exportacao em um unico hub. - [Ferramentas de conversao de formatos de imagem e exportacao animada](https://elysiatools.com/pt/hubs/image-convert): Compare conversores de imagem para JPG, PNG, GIF, AVIF, WebP, TIFF, ICO, base64 e saidas voltadas para animacao em um unico hub. - [Ferramentas de intercambio JSON e traducao de formatos](https://elysiatools.com/pt/hubs/json-convert): Compare ferramentas de conversao JSON para CSV, YAML, TOML, GraphQL, XML, Markdown, Excel, BSON, EDN e outros formatos estruturados em um unico hub.