# Calculateur de longueur des fragments de restriction Estime les tailles des fragments après digestion : un substrat circulaire avec n coupures produit n fragments (en bouclant l'origine), un linéaire en produit n+1. Le mode positions calcule les fragments exacts à partir de coordonnées séparées par des virgules ; le mode nombre de sites donne l'effectif et la moyenne pour une répartition uniforme. Inclut la fréquence attendue des sites dans l'ADN aléatoire : enzymes à 4 bases ~1 site/256 bp, à 6 bases ~1/4096 bp (REBASE/Sambrook), et des repères de résolution en agarose (<50 bp peut sortir du gel). Sources : Sambrook & Russell 3ᵉ éd., REBASE. Uniquement pour l'éducation. > Page canonique: https://elysiatools.com/fr/tools/restriction-fragment-length - **Catégorie:** Education - **Mots-clés:** longueur fragments restriction, calculateur digestion restriction, double digestion plasmide, carte de restriction fragments, fragments adn bp, digestion plasmide circulaire, fragments adn linéaire, enzyme 4 bases 256 bp, enzyme 6 bases 4096 bp, taille fragments agarose, biologie moléculaire, calculateur laboratoire ## Présentation Ce calculateur estime la longueur des fragments d’ADN obtenus après digestion de restriction. Saisissez les positions exactes des coupures pour obtenir chaque fragment, ou indiquez seulement le nombre de sites pour calculer un effectif et une longueur moyenne selon une répartition uniforme. ## Entrées - **Topologie du substrat** (select): Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1. - **Mode de saisie** (select): Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate. - **Longueur du substrat (bp)** (number): Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs. - **Positions de coupure (bp, séparées par des virgules)** (text): Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique. - **Nombre de sites de coupure** (number): Number of cut sites (count mode); fragments = n circular or n+1 linear. - **Décimales** (number) ## Quand l'utiliser - Prévoir les fragments d’un plasmide circulaire après une ou plusieurs coupures. - Calculer les fragments d’un ADN linéaire ou d’un produit PCR à partir de coordonnées en bp. - Obtenir une estimation moyenne lorsque seules la longueur du substrat et le nombre de sites sont connus. ## Fonctionnement - Indiquez la topologie du substrat : plasmide circulaire ou ADN linéaire. - Choisissez le mode Positions de coupure pour calculer les longueurs exactes, ou le mode Nombre de sites pour une estimation moyenne. - Saisissez la longueur totale en bp et, selon le mode choisi, les coordonnées séparées par des virgules ou le nombre de sites. - Le résultat fournit les longueurs des fragments, leur nombre, la moyenne, les valeurs minimale et maximale, ainsi que la longueur totale. ## Cas d'usage - Vérifier une carte de restriction de plasmide avant une double digestion. - Prévoir le profil de fragments d’un produit PCR linéaire. - Comparer les tailles calculées aux bandes attendues sur un gel d’agarose, en gardant à l’esprit que les fragments de moins de 50 bp peuvent être difficiles à retenir. ## Questions fréquentes ### Combien de fragments produit un ADN circulaire avec n coupures ? Un substrat circulaire produit n fragments, car le fragment passant par l’origine est refermé. ### Combien de fragments produit un ADN linéaire avec n coupures ? Un substrat linéaire produit n+1 fragments, en incluant les deux fragments terminaux. ### Comment saisir les positions de coupure ? Saisissez des coordonnées uniques, internes au substrat et séparées par des virgules, par exemple 1000, 2000. ### Que calcule le mode Nombre de sites ? Il calcule le nombre de fragments et leur longueur moyenne en supposant une répartition uniforme des coupures. ### Quelle fréquence attendre pour un site de restriction de 6 bases ? Dans un ADN aléatoire, un site de 6 bases est attendu environ tous les 4096 bp. Cette valeur reste théorique et dépend de la séquence réelle. ## Outils associés - [Analyseur de composition en acides aminés](https://elysiatools.com/fr/tools/amino-acid-composition): Analyse la composition d'une séquence : comptages et pourcentages molaires de chacun des 20 acides aminés standards ; totaux par groupe (basiques K/R/H, acides D/E, aromatiques F/W/Y, soufrés C/M, aliphatiques A/I/L/V, amides N/Q, hydroxyles S/T, autres G/P) ; GRAVY selon les valeurs d'hydropathie de Kyte–Doolittle 1982 (>0 tendance hydrophobe, <0 hydrophile ; les globulaires solubles se situent entre −1 et +0,3) ; et la masse moléculaire via la table ProtParam. Les codes d'ambiguïté (B/J/O/U/X/Z) sont comptés à part et exclus des pourcentages. Sources : Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Uniquement à but éducatif. - [Simulateur de l'effet goulot d'étranglement (perte d'hétérozygotie)](https://elysiatools.com/fr/tools/bottleneck-effect-simulator): Simule la perte attendue d'hétérozygotie après un goulot d'étranglement (espérance déterministe). Sous dérive de Wright-Fisher idéale, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) par génération, d'où H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g ; la taille efficace harmonique Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) est dominée par le minimum ; F accumulé = 1 − H_final/H₀. Pour un allèle de fréquence p, la survie à UNE génération de goulot est 1 − (1−p)^(2Nb) ; les allèles rares disparaissent en premier. Cas classiques : éléphant de mer du Nord (~20 survivants vers 1890), guépard, nēnē d'Hawaï, bison d'Europe, atoll de Pingelap. Sources : Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Usage éducatif uniquement. - [Processeur de Limites de Données](https://elysiatools.com/fr/tools/data-boundary-processor): Outil avancé de traitement des limites qui identifie et gère les valeurs minimales et maximales dans les données numériques. Parfait pour la validation des données, la vérification des plages, l'analyse statistique et le prétraitement des données. - [Calculateur de masse moléculaire de protéine (par séquence)](https://elysiatools.com/fr/tools/protein-molecular-weight): Calcule la masse moléculaire d'une protéine depuis sa séquence : MW = Σ masses moyennes des résidus + H₂O (18,01524 Da), avec la même table qu'ExPASy ProtParam (A 71,0788 … W 186,2132). L'entrée est insensible à la casse ; espaces et séparateurs * - . sont retirés ; les codes d'ambiguïté (B/J/O/U/X/Z) ne sont pas sommés mais comptés et signalés. Le résultat est la chaîne polypeptidique non modifiée : sans clivage du peptide signal, ponts disulfures (−2H par pont), PTM ni étiquettes. Renvoie kDa, masse moyenne par résidu et longueur. Sources : ExPASy ProtParam (Gasteiger 2005), handbook de Fasman. Uniquement à but éducatif. - [Calculateur d'efficacité de transfection (taux GFP+)](https://elysiatools.com/fr/tools/transfection-efficiency): Calcule l'efficacité de transfection via le taux GFP+ : efficacité = cellules GFP+ ÷ total × 100. Le mode mesure unique ajoute un intervalle de confiance Wilson à 95% (plus fiable que l'approximation normale pour petits effectifs) ; le mode réplicats prend des comptages parallèles séparés par virgules et renvoie l'efficacité par puits, la moyenne et l'écart-type d'échantillon (n−1). Bandes d'interprétation : ≥70% excellent (lignes faciles HEK293/CHO), 30–70% bon, 10–30% modéré, <10% faible (envisager électroporation ou vecteurs viraux). Hypothèses : même seuil GFP, cellules mortes exclues, lecture au pic 24–72 h. Sources : Wilson 1927, Newcombe 1998, Kim & Eberwine 2010. Uniquement pour l'éducation. - [Tuteur machines à états finis, Mealy/Moore, Karnaugh et minimisation](https://elysiatools.com/fr/tools/finite-state-machine-mealy-moore-karnaugh-minimization-tutor): Explique pas à pas automates et logique combinatoire : construction par sous-ensembles ε-NFA→NFA→DFA, minimisation par raffinement de partitions de Moore, conversion Mealy↔Moore ; groupes Gray en Karnaugh et Quine-McCluskey avec implicants premiers et couverture minimale exacte pour la SOP minimale. Avec diagrammes ASCII, tableaux et itérations. - [Générateur de paquet SRS depuis liste de fréquence](https://elysiatools.com/fr/tools/language-vocab-spaced-repetition-deck-generator): Collez une liste de vocabulaire bilingue et exportez un paquet compatible Anki qui découpe chaque entrée en cartes de reconnaissance, rappel et cloze avec nature, IPA et phrases d’exemple, plus un aperçu SM-2. - [Convertisseur de Vitesse Angulaire (rad/s / rpm / deg/s / Hz)](https://elysiatools.com/fr/tools/angular-velocity-converter): Conversion de vitesse angulaire : rad/s (base SI) ↔ tr/min (1=2π/60 rad/s) ↔ deg/s (1=π/180 rad/s) ↔ Hz (1 tour/s=2π rad/s). Ici Hz = tour par seconde. Conversion via rad/s avec les quatre équivalents. Réf. : vinyle 33⅓ tr/min≈3,49 rad/s, ralenti moteur ~800 tr/min≈83,8 rad/s. ## Exemples - [Exemples de Traitement d'Images Web Python](https://elysiatools.com/fr/samples/web-image-processing-python): Exemples de traitement d'images Web Python utilisant PIL/Pillow incluant la lecture, l'enregistrement, le redimensionnement et la conversion de format - [Exemples de Longueur et Distance](https://elysiatools.com/fr/samples/length-distance): Exemples educatifs pour comprendre les unites metriques et imperiales, lintuition des distances et les conversions courantes - [Exemples d Unites de Longueur](https://elysiatools.com/fr/samples/length-unit): References pratiques que vous pouvez copier lorsque vous voulez comparer directement differentes unites de longueur avec les metres (m) - [Exemples de Traitement d'Images Android Java](https://elysiatools.com/fr/samples/android-image-processing-java): Exemples de traitement d'images Android Java incluant lecture/écriture, mise à l'échelle et conversion de format ## Contenu associé - [Outils de codes-barres, QR et etiquettes](https://elysiatools.com/fr/hubs/barcode-utility): Regroupe dans un meme hub les outils de generation de codes-barres, creation et decodage QR, validation UPC/EAN, partage WiFi par QR et etiquettes imprimables. - [Outils d encodage et de conversion audio](https://elysiatools.com/fr/hubs/audio-convert): Comparez la conversion de formats audio, les changements de debit, la conversion de frequence d echantillonnage, les changements de codec et les exports dans un meme hub. - [Outils de conversion de formats d image et d export anime](https://elysiatools.com/fr/hubs/image-convert): Comparez les convertisseurs d image pour JPG, PNG, GIF, AVIF, WebP, TIFF, ICO, base64 et les exports orientes animation dans un meme hub. - [Outils d interchange JSON et de traduction de formats](https://elysiatools.com/fr/hubs/json-convert): Comparez les outils de conversion JSON pour CSV, YAML, TOML, GraphQL, XML, Markdown, Excel, BSON, EDN et d autres formats structures dans un meme hub.