# Calculateur d'affinité protéine-ADN (estimation de Kd) Estime le Kd à partir d'un point selon l'équilibre 1:1 : en excès de protéine, f = [P]÷([P]+Kd), donc Kd = [P]×(1−f)÷f ; à f = 0,5 le Kd égale la concentration en protéine. Deux entrées : fraction liée directe (0–1) ou anisotropie de fluorescence f = (r−rlibre)÷(rlié−rlibre). Ajoute ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C par défaut). Bandes : <1 nM très forte, 1–100 nM forte (cibles typiques de facteurs de transcription), 100 nM–1 µM modérée, >1 µM faible (vérifier sel et compétiteur poly(dI-dC)). Hypothèses : équilibre, 1:1, protéine en grand excès ; pour une courbe complète, ajuster toute la titration. Sources : Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Uniquement pour l'éducation. > Page canonique: https://elysiatools.com/fr/tools/protein-dna-binding-affinity - **Catégorie:** Education - **Mots-clés:** affinité protéine adn, calculateur kd, estimation constante dissociation, fraction liée anisotropie, anisotropie de fluorescence liaison, énergie libre liaison delta g, facteur de transcription liaison adn, constante de dissociation, modèle liaison 1:1, biologie moléculaire, calculateur laboratoire ## Présentation Ce calculateur estime la constante de dissociation Kd d’une interaction protéine-ADN à partir d’un seul point expérimental, selon un modèle de liaison 1:1 avec protéine en excès. Saisissez directement la fraction liée ou calculez-la à partir de mesures d’anisotropie de fluorescence pour obtenir également ΔG°. ## Entrées - **Mode de calcul** (select): Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values. - **Concentration de protéine (nM)** (number): Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA). - **Fraction liée (0–1)** (number): Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1). - **Anisotropie mesurée (r)** (number): Anisotropy of the sample (anisotropy mode). - **Anisotropie de l'état libre (r libre)** (number): Anisotropy of the unbound labeled DNA alone. - **Anisotropie de l'état lié (r lié)** (number): Anisotropy of the fully bound complex (protein-saturated). - **Température (°C)** (number): Incubation temperature, used for ΔG° = RT·ln(Kd). - **Décimales** (number) ## Quand l'utiliser - Estimer rapidement le Kd à partir d’une fraction d’ADN marqué liée à une concentration donnée de protéine. - Convertir une mesure d’anisotropie de fluorescence en fraction liée, puis en Kd. - Obtenir une première interprétation de l’affinité avant l’ajustement d’une courbe complète de titration. ## Fonctionnement - Choisissez le mode « Fraction liée » ou « Anisotropie de fluorescence ». - Indiquez la concentration totale de protéine en nM et les mesures requises par le mode choisi. - Le calcul applique Kd = \[P\] × (1 − f) ÷ f selon l’équilibre de liaison 1:1. - Le résultat fournit le Kd, la fraction liée utilisée, ΔG° à la température saisie et une bande d’affinité. ## Cas d'usage - Comparer rapidement l’affinité apparente de différentes protéines ou séquences d’ADN dans les mêmes conditions. - Interpréter un point d’EMSA ou une mesure d’anisotropie de fluorescence à l’équilibre. - Préparer l’analyse pédagogique ou expérimentale d’une interaction protéine-ADN avant une titration complète. ## Questions fréquentes ### Quelle formule le calculateur utilise-t-il ? Il utilise Kd = [P] × (1 − f) ÷ f, où [P] est la concentration de protéine et f la fraction liée. ### Que se passe-t-il si la fraction liée vaut 0,5 ? Le Kd est égal à la concentration de protéine saisie. ### Comment calculer la fraction liée avec l’anisotropie ? La fraction liée est f = (r − r libre) ÷ (r lié − r libre). ### Le calculateur analyse-t-il une courbe complète de titration ? Non. Il estime le Kd à partir d’un seul point ; une courbe complète doit être ajustée dans son ensemble. ### À quoi sert la valeur ΔG° ? Elle estime l’énergie libre standard de liaison avec ΔG° = RT·ln(Kd), à la température indiquée. ## Outils associés - [Convertisseur d'unités d'activité enzymatique (U ↔ katal)](https://elysiatools.com/fr/tools/enzyme-unit-converter): Convertissez avec exactitude les unités d'activité enzymatique : 1 U = 1 µmol/min (IUB 1978), 1 kat = 1 mol/s (BIPM 1999), d'où 1 U = 16,667 nkat, 1 µkat = 60 U et 1 kat = 6×10⁷ U. Saisissez une valeur en U/mU/µU ou kat/mkat/µkat/nkat/pkat et lisez la même activité dans toutes les autres unités. Conversion d'échelle pure, sans hypothèse d'essai, pratique pour manuscrits et fiches techniques. Sources : comité IUB, BIPM 21ᵉ CGPM, livre vert IUPAC. Uniquement à but éducatif. - [Calculateur de densité cellulaire OD600 (E. coli)](https://elysiatools.com/fr/tools/od600-cell-density): Convertit la turbidité OD600 en concentration cellulaire et poids sec (CDW) : OD normalisée = lecture × facteur de dilution ÷ trajet optique ; cellules/mL = OD × cellules par unité d'OD (1×10⁹ par défaut, valeur usuelle d'E. coli) ; CDW g/L = OD × g/L par unité d'OD (0.36 par défaut, BioNumbers 109837 ; plage 0.3–0.5). Les deux facteurs sont modifiables — souche, milieu et instrument les influencent ; les valeurs par défaut sont auto-cohérentes : 0.36 g/L ÷ 10⁹ cellules/mL = 0.36 pg/cellule. Les lectures OD > 1 sont signalées hors plage linéaire (Sigma-Aldrich). Sources : BioNumbers 109835/109837, Agilent/VectorBuilder. Calibrez avec votre propre courbe OD-CFU. Uniquement pour l'éducation. - [Calculateur de point isoélectrique des protéines (pI)](https://elysiatools.com/fr/tools/protein-isoelectric-point): Calcule le point isoélectrique théorique à partir de la composition en acides aminés : charge nette par Henderson–Hasselbalch sur chaque groupe ionisable (jeu de pKa simplifié ExPASy/Bjellqvist : N-term 7.5, K 10.0, R 12.0, H 5.98 ; C-term 3.55, D 4.05, E 4.45, C 9.0, Y 10.0) et bissection jusqu'à la charge nulle. Renvoie aussi la charge nette au pH physiologique 7.4, la masse moléculaire moyenne (table ProtParam + eau) et la lecture acide/basique. Limites : pKa de chaîne dépliée, sans modifications post-traductionnelles ; le jeu de pKa et l'algorithme de bissection sont identiques à Biopython IsoelectricPoint (résultats numériquement identiques), tandis que le jeu complet de Bjellqvist d'ExPASy distingue les résidus terminaux et peut différer légèrement. Sources : Bjellqvist 1993, Gasteiger 2003 (ExPASy), Biopython IsoelectricPoint. Uniquement pour l'éducation. - [Générateur de citations](https://elysiatools.com/fr/tools/citation-generator): Génère des citations APA 7, MLA 9, Chicago, IEEE, BibTeX et RIS à partir d'un DOI, ISBN, URL ou métadonnées manuelles. - [Calculateur de température d'hybridation PCR (Ta = Tm − 5°C)](https://elysiatools.com/fr/tools/annealing-temperature-calculator): Calcule la température d'hybridation (Ta) de la PCR selon deux règles : la règle simple de paillasse Ta = Tm − 5°C (en prenant le PLUS PETIT Tm de la paire d'amorces) et la formule empirique de Rychlik 1990 : Ta = 0.3×Tm(amorce) + 0.7×Tm(produit) − 14.9 (le Tm du produit est typiquement de 75–90°C et la formule tombe 1–8°C au-dessus de la règle simple pour des paires classiques). Fournit la Ta recommandée, une plage de gradient ±3°C et le sens d'ajustement : Ta trop basse donne bandes non spécifiques et dimères, trop haute aucun produit ; gardez les deux Tm à 2–3°C près et hybridez sur le plus petit. Sources : Rychlik 1990, Innis & Gelfand 1990, Lorenz 2012. Uniquement pour la planification. - [Analyseur de pedigree d'hérédité autosomique dominante](https://elysiatools.com/fr/tools/autosomal-dominant-pedigree): Calcule le risque pour la descendance dans l'hérédité autosomique dominante (AD) et évalue l'ajustement des effectifs observés au ratio attendu. Génotypes parentaux → ratio attendu : AA × n'importe = tous atteints ; Aa × Aa = 3:1 (75%) ; Aa × aa = 1:1 (50%) ; aa × aa = aucun. Les effectifs observés permettent un test du chi-carré (df = 1, critique 3.841). Signes du pedigree AD : transmission verticale, deux sexes atteints à parts égales, transmission homme-homme présente (exclut le dominant lié à l'X), les non-atteints ne transmettent pas (sauf mutation de novo). Exemples : Huntington, achondroplasie, Marfan. Sources : Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls, OMIM. Usage éducatif uniquement. - [Calculateur de risque d'hérédité autosomique récessive](https://elysiatools.com/fr/tools/autosomal-recessive-risk): Calcule la probabilité qu'un enfant (ou qu'au moins un de n enfants) soit atteint d'une maladie autosomique récessive. Un enfant atteint (aa) doit recevoir un allèle récessif de CHACUN des parents : P(enfant atteint) = P(parent 1 transmet a) × P(parent 2 transmet a). Statuts : porteur (Aa), atteint (aa), non porteur (AA), inconnu (P(Aa)=c, P(aa)=c² selon la fréquence populationnelle). Deux porteurs → 25% par enfant, 50% porteurs, P(porteur | non atteint) = 2/3 ; au moins un atteint parmi n = 1 − (1−r)^n. Défaut 0.04 (mucoviscidose 1/25). Sources : Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Usage éducatif uniquement, ne remplace pas un conseil génétique. - [Calculateur de numération cellulaire à l'hémocytomètre](https://elysiatools.com/fr/tools/cell-counting-hemocytometer): Convertit les comptages bruts de la chambre de Neubauer améliorée en concentration : cellules/mL = (total comptées ÷ carrés) × dilution × 10⁴ (chaque carré de 1 mm² sous 0,1 mm de profondeur contient exactement 0,1 µL). Saisissez le total compté, le nombre de carrés (généralement 4 angles ou 5 avec le central) et la dilution ; facultativement le volume pour le total de cellules. Conseils selon la densité idéale de 20–100 cellules par carré. Sources : manuel Freshney, géométrie Neubauer. Uniquement à but éducatif. ## Exemples - [Exemples de Traitement d'Images Web Python](https://elysiatools.com/fr/samples/web-image-processing-python): Exemples de traitement d'images Web Python utilisant PIL/Pillow incluant la lecture, l'enregistrement, le redimensionnement et la conversion de format - [Échantillons Audio FLAC Libres de Droits](https://elysiatools.com/fr/samples/flac-samples): Collection audio FLAC sans perte pour tests et développement, incluant sons de la nature et musique de méditation - [Échantillons Audio MP3 Libres de Droits](https://elysiatools.com/fr/samples/mp3-samples): Collection d'échantillons audio libres de droits pour les tests et le développement, incluant les sons de la nature, la musique de méditation et l'audio ambiant - [Échantillons Audio WAV Libres de Droits](https://elysiatools.com/fr/samples/wav-samples): Collection audio WAV non compressé pour tests et développement, incluant sons de la nature et musique de méditation ## Contenu associé - [Outils de quantification des protéines, cinétique enzymatique et analyse de séquences](https://elysiatools.com/fr/hubs/protein-quantification-enzyme-kinetics-sequence-tools): Planifiez des dosages de protéines, convertissez des concentrations et analysez séquences, activité, cinétique, inhibition et liaison dans un même flux de laboratoire. - [Outils d encodage et de conversion audio](https://elysiatools.com/fr/hubs/audio-convert): Comparez la conversion de formats audio, les changements de debit, la conversion de frequence d echantillonnage, les changements de codec et les exports dans un meme hub. - [Outils de conversion de formats d image et d export anime](https://elysiatools.com/fr/hubs/image-convert): Comparez les convertisseurs d image pour JPG, PNG, GIF, AVIF, WebP, TIFF, ICO, base64 et les exports orientes animation dans un meme hub. - [Outils d interchange JSON et de traduction de formats](https://elysiatools.com/fr/hubs/json-convert): Comparez les outils de conversion JSON pour CSV, YAML, TOML, GraphQL, XML, Markdown, Excel, BSON, EDN et d autres formats structures dans un meme hub.