# Calculateur de Tm d'amorce PCR (Wallace / plus proches voisins)

Calcule la température de fusion (Tm) d'une amorce PCR par deux méthodes, toutes deux affichées : la règle de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimation rapide pour courts oligos <14 nt, ignorant contexte, concentration et sel) et la méthode thermodynamique des plus proches voisins unifiée de SantaLucia 1998 : Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — 16 paramètres d'empilement, termes d'initiation terminale et correction de symétrie pour les séquences auto-complémentaires ; concentration d'amorce et de sodium réglables (famille utilisée par Primer3). Fournit aussi le contenu GC, la composition en bases et la Ta suggérée = Tm − 5°C. Sources : Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Uniquement pour le criblage initial.

> Page canonique: https://elysiatools.com/fr/tools/pcr-primer-tm

- **Catégorie:** Education

- **Mots-clés:** calculateur tm amorce, température de fusion, règle de wallace, tm plus proches voisins, thermodynamique santalucia, conception d'amorces, contenu gc, température d'hybridation, amorce pcr, tm oligonucléotide, primer3, pcr

## Présentation

Ce calculateur de Tm d’amorce PCR estime la température de fusion à partir d’une séquence d’ADN de 5 à 60 nucléotides. Il compare la règle de Wallace et la méthode thermodynamique des plus proches voisins de SantaLucia, puis affiche le contenu GC, la composition en bases et une température d’hybridation de départ estimée à Tm − 5 °C.

## Entrées

- **Séquence de l'amorce (5'→3')** (text): DNA primer sequence, A/C/G/T only (case-insensitive); 5–60 nt.
- **Méthode de Tm** (select): Wallace for a quick short-oligo estimate; nearest-neighbor is the standard for primer design.
- **Concentration de l'amorce (nM)** (number): Primer strand concentration (nearest-neighbor method only).
- **Concentration de sodium (mM)** (number): \[Na+\] of the reaction buffer (nearest-neighbor method only).
- **Décimales** (number)

## Quand l'utiliser

- Comparer rapidement la Tm d’une ou plusieurs amorces PCR.
- Évaluer l’effet de la concentration d’amorce et du sodium avec la méthode des plus proches voisins.
- Obtenir une première estimation du contenu GC et de la température d’hybridation avant validation expérimentale.

## Fonctionnement

- Saisissez une séquence d’ADN d’amorce en majuscules ou en minuscules, composée uniquement de A, C, G et T, entre 5 et 60 nucléotides.
- Choisissez la règle de Wallace pour une estimation rapide ou la méthode des plus proches voisins de SantaLucia 1998.
- Avec la méthode thermodynamique, indiquez la concentration de l’amorce et celle du sodium en mM.
- L’outil affiche les deux valeurs de Tm, le pourcentage de GC, la longueur, la composition en bases et la Ta de départ estimée.

## Cas d'usage

- Comparer la compatibilité thermique de deux amorces avant une PCR.
- Examiner l’écart entre une estimation Wallace et un calcul thermodynamique.
- Contrôler le contenu GC et repérer les séquences auto-complémentaires lors d’une première conception d’amorce.

## Questions fréquentes

### Quelle séquence puis-je saisir ?

Une séquence d’ADN de 5 à 60 nucléotides contenant uniquement les bases A, C, G et T.

### Quelle différence existe entre les deux méthodes ?

Wallace applique la formule 2 × (A+T) + 4 × (G+C), tandis que les plus proches voisins utilisent un modèle thermodynamique tenant compte de la séquence, de la concentration et du sodium.

### Quand utiliser la règle de Wallace ?

Elle convient surtout à une estimation rapide de courts oligonucléotides, notamment sous 14 nucléotides.

### Pourquoi renseigner la concentration d’amorce et de sodium ?

Ces paramètres sont utilisés par la méthode des plus proches voisins pour ajuster l’estimation thermodynamique de la Tm.

### La Ta suggérée est-elle une température PCR définitive ?

Non. Ta = Tm − 5 °C est une température de départ indicative destinée au criblage initial et doit être validée expérimentalement.

## Outils associés

- [Convertisseur Absorbance↔Transmittance (A = −log₁₀T)](https://elysiatools.com/fr/tools/absorbance-transmittance-converter): Convertit dans les deux sens absorbance et transmittance : A = −log₁₀(T), T = 10⁻ᴬ, %T = 100·T et A = 2 − log₁₀(%T). Accepte l'absorbance A, la transmittance en pourcentage %T ou en fraction T et renvoie les trois représentations à la fois. Repères : A=0 → %T=100 ; A=1 → %T=10 ; A=0,301 → %T=50. Une absorbance négative impliquerait %T > 100 %, impossible en spectrophotométrie standard, et est rejetée.
- [Calculateur de température d'hybridation PCR (Ta = Tm − 5°C)](https://elysiatools.com/fr/tools/annealing-temperature-calculator): Calcule la température d'hybridation (Ta) de la PCR selon deux règles : la règle simple de paillasse Ta = Tm − 5°C (en prenant le PLUS PETIT Tm de la paire d'amorces) et la formule empirique de Rychlik 1990 : Ta = 0.3×Tm(amorce) + 0.7×Tm(produit) − 14.9 (le Tm du produit est typiquement de 75–90°C et la formule tombe 1–8°C au-dessus de la règle simple pour des paires classiques). Fournit la Ta recommandée, une plage de gradient ±3°C et le sens d'ajustement : Ta trop basse donne bandes non spécifiques et dimères, trop haute aucun produit ; gardez les deux Tm à 2–3°C près et hybridez sur le plus petit. Sources : Rychlik 1990, Innis & Gelfand 1990, Lorenz 2012. Uniquement pour la planification.
- [Analyseur de pedigree d'hérédité autosomique dominante](https://elysiatools.com/fr/tools/autosomal-dominant-pedigree): Calcule le risque pour la descendance dans l'hérédité autosomique dominante (AD) et évalue l'ajustement des effectifs observés au ratio attendu. Génotypes parentaux → ratio attendu : AA × n'importe = tous atteints ; Aa × Aa = 3:1 (75%) ; Aa × aa = 1:1 (50%) ; aa × aa = aucun. Les effectifs observés permettent un test du chi-carré (df = 1, critique 3.841). Signes du pedigree AD : transmission verticale, deux sexes atteints à parts égales, transmission homme-homme présente (exclut le dominant lié à l'X), les non-atteints ne transmettent pas (sauf mutation de novo). Exemples : Huntington, achondroplasie, Marfan. Sources : Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls, OMIM. Usage éducatif uniquement.
- [Calculateur de risque d'hérédité autosomique récessive](https://elysiatools.com/fr/tools/autosomal-recessive-risk): Calcule la probabilité qu'un enfant (ou qu'au moins un de n enfants) soit atteint d'une maladie autosomique récessive. Un enfant atteint (aa) doit recevoir un allèle récessif de CHACUN des parents : P(enfant atteint) = P(parent 1 transmet a) × P(parent 2 transmet a). Statuts : porteur (Aa), atteint (aa), non porteur (AA), inconnu (P(Aa)=c, P(aa)=c² selon la fréquence populationnelle). Deux porteurs → 25% par enfant, 50% porteurs, P(porteur | non atteint) = 2/3 ; au moins un atteint parmi n = 1 − (1−r)^n. Défaut 0.04 (mucoviscidose 1/25). Sources : Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Usage éducatif uniquement, ne remplace pas un conseil génétique.
- [Calculateur de numération cellulaire à l'hémocytomètre](https://elysiatools.com/fr/tools/cell-counting-hemocytometer): Convertit les comptages bruts de la chambre de Neubauer améliorée en concentration : cellules/mL = (total comptées ÷ carrés) × dilution × 10⁴ (chaque carré de 1 mm² sous 0,1 mm de profondeur contient exactement 0,1 µL). Saisissez le total compté, le nombre de carrés (généralement 4 angles ou 5 avec le central) et la dilution ; facultativement le volume pour le total de cellules. Conseils selon la densité idéale de 20–100 cellules par carré. Sources : manuel Freshney, géométrie Neubauer. Uniquement à but éducatif.
- [Convertisseur de Densité Cellulaire (cellules/mL↔cellules/µL↔10⁶/mL↔10¹²/L)](https://elysiatools.com/fr/tools/cell-density-unit-converter): Conversion complète entre unités de densité cellulaire : cellules/L, cellules/mL, cellules/µL, 10³ cellules/µL, 10⁶ cellules/mL, 10⁹ cellules/L et 10¹² cellules/L. Couvre la culture cellulaire (p. ex. E. coli 5×10⁸ cellules/mL = 500 ×10⁶ cellules/mL) comme les comptes rendus d'hématologie (érythrocytes 4,9×10¹²/L = 4,9×10⁶ cellules/µL ; leucocytes 6,5×10⁹/L = 6 500 cellules/µL) et renvoie la table complète des unités. Outil compagnon : calculateur OD600.
- [Calculateur de temps de doublement cellulaire](https://elysiatools.com/fr/tools/cell-doubling-time): Calcule la cinétique de croissance exponentielle à partir de deux comptages : temps de doublement t_d = ln2 × t ÷ ln(Nₜ/N₀), nombre de doublements n = ln(Nₜ/N₀) ÷ ln2 et taux spécifique μ = ln(Nₜ/N₀)/t (h⁻¹). N₀ et Nₜ peuvent être des nombres de cellules ou des densités dans toute unité cohérente ; le temps accepte heures/jours/minutes. Suppose la phase exponentielle aux deux points (ensemencement sous-confluent, récolte avant l'inhibition de contact), sinon t_d sera surestimé ; repères HEK293/HeLa/CHO inclus. Source : manuel Freshney. Uniquement à but éducatif.
- [Calculateur de viabilité cellulaire au bleu de trypan](https://elysiatools.com/fr/tools/cell-viability-trypan-blue): Calcule la viabilité à partir des comptages cellules vivantes/mortes du test d'exclusion au bleu de trypan : viabilité % = vivantes ÷ (vivantes + mortes) × 100 ; concentration en vivantes = comptage × dilution × 10⁴ ÷ carrés. Le colorant ne traverse pas les membranes intactes : les cellules vivantes restent claires, les lésées se colorent en bleu profond. Fournit une lecture de l'état de la culture (≥90% saine, 70–90% acceptable, <70% stressée) et des conseils de protocole (compter en 3–5 min ; une exposition prolongée tue les cellules viables). Sources : Freshney, protocole de Strober. Uniquement à but éducatif.

## Exemples

- [Exemples de Traitement d'Images Web Python](https://elysiatools.com/fr/samples/web-image-processing-python): Exemples de traitement d'images Web Python utilisant PIL/Pillow incluant la lecture, l'enregistrement, le redimensionnement et la conversion de format
- [Exemples de Traitement d'Images Android Java](https://elysiatools.com/fr/samples/android-image-processing-java): Exemples de traitement d'images Android Java incluant lecture/écriture, mise à l'échelle et conversion de format
- [Exemples de Traitement d'Images Android Kotlin](https://elysiatools.com/fr/samples/android-image-processing-kotlin): Exemples de traitement d'images Android Kotlin incluant lecture/écriture, mise à l'échelle et conversion de format
- [Exemples de Traitement d'Images Web Rust](https://elysiatools.com/fr/samples/web-image-processing-rust): Exemples de traitement d'images Web Rust incluant lecture/écriture, redimensionnement et conversion de format