# Simulateur de l'effet goulot d'étranglement (perte d'hétérozygotie) Simule la perte attendue d'hétérozygotie après un goulot d'étranglement (espérance déterministe). Sous dérive de Wright-Fisher idéale, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) par génération, d'où H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g ; la taille efficace harmonique Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) est dominée par le minimum ; F accumulé = 1 − H_final/H₀. Pour un allèle de fréquence p, la survie à UNE génération de goulot est 1 − (1−p)^(2Nb) ; les allèles rares disparaissent en premier. Cas classiques : éléphant de mer du Nord (~20 survivants vers 1890), guépard, nēnē d'Hawaï, bison d'Europe, atoll de Pingelap. Sources : Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Usage éducatif uniquement. > Page canonique: https://elysiatools.com/fr/tools/bottleneck-effect-simulator - **Catégorie:** Education - **Mots-clés:** effet goulot d'étranglement, goulot populationnel, dérive génétique, perte d'hétérozygotie, taille effective, consanguinité, diversité génétique, génétique de la conservation, génétique des populations, génétique ## Présentation Ce simulateur estime la perte attendue d’hétérozygotie après un goulot d’étranglement génétique. Saisissez l’hétérozygotie initiale, la taille et la durée du goulot, puis la taille et la durée de la récupération pour obtenir l’hétérozygotie finale, la rétention, le coefficient de consanguinité F et la taille efficace harmonique Ne. ## Entrées - **Hétérozygotie initiale H₀** (number): Heterozygosity before the bottleneck (0 < H₀ ≤ 1). - **Taille de la population au goulot** (number): Census size during the bottleneck (Nb). - **Générations de goulot** (number): Number of generations spent at the bottleneck size (t). - **Taille de la population de récupération** (number): Census size after recovery (Nr). - **Générations de récupération** (number): Generations spent at the recovery size (g; 0 to skip). - **Fréquence de l'allèle cible** (number): Frequency p of a focal allele used for the one-generation bottleneck survival estimate. - **Décimales** (number) ## Quand l'utiliser - Comparer l’impact génétique d’un goulot court et sévère avec celui d’un goulot plus long. - Illustrer la perte de diversité génétique après une forte réduction de population. - Évaluer la survie attendue d’un allèle selon sa fréquence initiale pendant une génération de goulot. ## Fonctionnement - Indiquez H₀, l’hétérozygotie avant le goulot, ainsi que la taille Nb et le nombre de générations t du goulot. - Ajoutez la taille de récupération Nr et le nombre de générations g après le goulot ; indiquez 0 pour ignorer cette phase. - Le calcul applique H_final = H₀(1 − 1/(2Nb))^t(1 − 1/(2Nr))^g selon le modèle idéal de Wright-Fisher. - Le résultat JSON fournit notamment H_final, la proportion d’hétérozygotie retenue, F, Ne et la survie d’un allèle à la fréquence p pendant une génération de goulot. ## Cas d'usage - Enseignement de la dérive génétique, de la consanguinité et de la diversité des populations. - Comparaison de scénarios de conservation après un effondrement démographique. - Analyse qualitative de cas classiques comme l’éléphant de mer du Nord ou le guépard. ## Questions fréquentes ### Que mesure l’hétérozygotie finale ? Elle estime la diversité génétique restante après les phases de goulot et de récupération. ### Que représente le coefficient F ? F = 1 − H_final/H₀ ; il représente la perte relative d’hétérozygotie par rapport à la population initiale. ### Pourquoi la taille du goulot est-elle déterminante ? Une petite population subit une dérive génétique plus forte et perd plus rapidement de diversité. ### Comment est calculée la survie d’un allèle ? Pour une génération, elle est estimée par 1 − (1 − p)^(2Nb), où p est la fréquence de l’allèle. ### Ce calcul simule-t-il des trajectoires aléatoires ? Non. Il fournit une espérance déterministe fondée sur le modèle idéal de Wright-Fisher, à des fins éducatives. ## Outils associés - [Analyseur de composition en acides aminés](https://elysiatools.com/fr/tools/amino-acid-composition): Analyse la composition d'une séquence : comptages et pourcentages molaires de chacun des 20 acides aminés standards ; totaux par groupe (basiques K/R/H, acides D/E, aromatiques F/W/Y, soufrés C/M, aliphatiques A/I/L/V, amides N/Q, hydroxyles S/T, autres G/P) ; GRAVY selon les valeurs d'hydropathie de Kyte–Doolittle 1982 (>0 tendance hydrophobe, <0 hydrophile ; les globulaires solubles se situent entre −1 et +0,3) ; et la masse moléculaire via la table ProtParam. Les codes d'ambiguïté (B/J/O/U/X/Z) sont comptés à part et exclus des pourcentages. Sources : Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Uniquement à but éducatif. - [Calculateur de masse moléculaire de protéine (par séquence)](https://elysiatools.com/fr/tools/protein-molecular-weight): Calcule la masse moléculaire d'une protéine depuis sa séquence : MW = Σ masses moyennes des résidus + H₂O (18,01524 Da), avec la même table qu'ExPASy ProtParam (A 71,0788 … W 186,2132). L'entrée est insensible à la casse ; espaces et séparateurs * - . sont retirés ; les codes d'ambiguïté (B/J/O/U/X/Z) ne sont pas sommés mais comptés et signalés. Le résultat est la chaîne polypeptidique non modifiée : sans clivage du peptide signal, ponts disulfures (−2H par pont), PTM ni étiquettes. Renvoie kDa, masse moyenne par résidu et longueur. Sources : ExPASy ProtParam (Gasteiger 2005), handbook de Fasman. Uniquement à but éducatif. - [Calculateur de longueur des fragments de restriction](https://elysiatools.com/fr/tools/restriction-fragment-length): Estime les tailles des fragments après digestion : un substrat circulaire avec n coupures produit n fragments (en bouclant l'origine), un linéaire en produit n+1. Le mode positions calcule les fragments exacts à partir de coordonnées séparées par des virgules ; le mode nombre de sites donne l'effectif et la moyenne pour une répartition uniforme. Inclut la fréquence attendue des sites dans l'ADN aléatoire : enzymes à 4 bases ~1 site/256 bp, à 6 bases ~1/4096 bp (REBASE/Sambrook), et des repères de résolution en agarose (<50 bp peut sortir du gel). Sources : Sambrook & Russell 3ᵉ éd., REBASE. Uniquement pour l'éducation. - [Calculateur d'efficacité de transfection (taux GFP+)](https://elysiatools.com/fr/tools/transfection-efficiency): Calcule l'efficacité de transfection via le taux GFP+ : efficacité = cellules GFP+ ÷ total × 100. Le mode mesure unique ajoute un intervalle de confiance Wilson à 95% (plus fiable que l'approximation normale pour petits effectifs) ; le mode réplicats prend des comptages parallèles séparés par virgules et renvoie l'efficacité par puits, la moyenne et l'écart-type d'échantillon (n−1). Bandes d'interprétation : ≥70% excellent (lignes faciles HEK293/CHO), 30–70% bon, 10–30% modéré, <10% faible (envisager électroporation ou vecteurs viraux). Hypothèses : même seuil GFP, cellules mortes exclues, lecture au pic 24–72 h. Sources : Wilson 1927, Newcombe 1998, Kim & Eberwine 2010. Uniquement pour l'éducation. - [Tuteur machines à états finis, Mealy/Moore, Karnaugh et minimisation](https://elysiatools.com/fr/tools/finite-state-machine-mealy-moore-karnaugh-minimization-tutor): Explique pas à pas automates et logique combinatoire : construction par sous-ensembles ε-NFA→NFA→DFA, minimisation par raffinement de partitions de Moore, conversion Mealy↔Moore ; groupes Gray en Karnaugh et Quine-McCluskey avec implicants premiers et couverture minimale exacte pour la SOP minimale. Avec diagrammes ASCII, tableaux et itérations. - [Générateur de paquet SRS depuis liste de fréquence](https://elysiatools.com/fr/tools/language-vocab-spaced-repetition-deck-generator): Collez une liste de vocabulaire bilingue et exportez un paquet compatible Anki qui découpe chaque entrée en cartes de reconnaissance, rappel et cloze avec nature, IPA et phrases d’exemple, plus un aperçu SM-2. - [Convertisseur de Vitesse Angulaire (rad/s / rpm / deg/s / Hz)](https://elysiatools.com/fr/tools/angular-velocity-converter): Conversion de vitesse angulaire : rad/s (base SI) ↔ tr/min (1=2π/60 rad/s) ↔ deg/s (1=π/180 rad/s) ↔ Hz (1 tour/s=2π rad/s). Ici Hz = tour par seconde. Conversion via rad/s avec les quatre équivalents. Réf. : vinyle 33⅓ tr/min≈3,49 rad/s, ralenti moteur ~800 tr/min≈83,8 rad/s. - [Métabolisme de Base Étendu (comparaison de formules)](https://elysiatools.com/fr/tools/basal-metabolic-rate-ext): Calcule en parallèle les cinq équations classiques du métabolisme basal adulte avec moyenne et étendue : Mifflin-St Jeor (standard actuel ADA), Harris-Benedict original (1919, surestime ~5%), Harris-Benedict révisé (Roza & Shizgal 1984), Schofield (FAO/OMS/ONU 1985, par tranches d'âge ; surestime sous les tropiques et en cas d'obésité) et Katch-McArdle (masse maigre optionnelle : 370 + 21,6×MM). Résultats en kcal/jour avec notes sur l'origine des écarts. Complète le bmr-calculator à formule unique et l'outil tdee Mifflin seul. Sources : Mifflin 1990, Roza 1984, FAO/OMS/ONU 1985, ADA. Adultes sains 18–100 ans. Non un avis médical. ## Exemples - [Exemples de Traitement d'Images Web Python](https://elysiatools.com/fr/samples/web-image-processing-python): Exemples de traitement d'images Web Python utilisant PIL/Pillow incluant la lecture, l'enregistrement, le redimensionnement et la conversion de format - [Exemples de Traitement d'Images Android Java](https://elysiatools.com/fr/samples/android-image-processing-java): Exemples de traitement d'images Android Java incluant lecture/écriture, mise à l'échelle et conversion de format - [Exemples de Traitement d'Images Android Kotlin](https://elysiatools.com/fr/samples/android-image-processing-kotlin): Exemples de traitement d'images Android Kotlin incluant lecture/écriture, mise à l'échelle et conversion de format - [Exemples de Traitement d'Images Web Rust](https://elysiatools.com/fr/samples/web-image-processing-rust): Exemples de traitement d'images Web Rust incluant lecture/écriture, redimensionnement et conversion de format ## Contenu associé - [Outils de codes-barres, QR et etiquettes](https://elysiatools.com/fr/hubs/barcode-utility): Regroupe dans un meme hub les outils de generation de codes-barres, creation et decodage QR, validation UPC/EAN, partage WiFi par QR et etiquettes imprimables. - [Outils d encodage et de conversion audio](https://elysiatools.com/fr/hubs/audio-convert): Comparez la conversion de formats audio, les changements de debit, la conversion de frequence d echantillonnage, les changements de codec et les exports dans un meme hub. - [Outils de conversion de formats d image et d export anime](https://elysiatools.com/fr/hubs/image-convert): Comparez les convertisseurs d image pour JPG, PNG, GIF, AVIF, WebP, TIFF, ICO, base64 et les exports orientes animation dans un meme hub. - [Outils d interchange JSON et de traduction de formats](https://elysiatools.com/fr/hubs/json-convert): Comparez les outils de conversion JSON pour CSV, YAML, TOML, GraphQL, XML, Markdown, Excel, BSON, EDN et d autres formats structures dans un meme hub.