# Calculadora de longitud de fragmentos de restricción

Estima los tamaños de los fragmentos tras la digestión: un sustrato circular con n cortes produce n fragmentos (envolviendo el origen) y uno lineal produce n+1. El modo de posiciones calcula fragmentos exactos a partir de coordenadas separadas por comas; el modo de número de sitios da el recuento y la media con distribución uniforme. Incluye la frecuencia esperada de sitios en ADN aleatorio: cortadores de 4 bases ~1 cada 256 bp, de 6 bases ~1 cada 4096 bp (REBASE/Sambrook), y avisos de resolución en agarosa (<50 bp puede perderse). Fuentes: Sambrook & Russell 3.ª ed., REBASE. Solo para educación.

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- **Categoría:** Education

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## Descripción general

La calculadora de longitud de fragmentos de restricción estima el tamaño y el número de fragmentos de ADN tras una digestión. Usa posiciones de corte para obtener fragmentos exactos o introduce el número de sitios para calcular una estimación media en sustratos circulares o lineales.

## Entradas

- **Topología del sustrato** (select): Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.
- **Modo de entrada** (select): Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.
- **Longitud del sustrato (bp)** (number): Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.
- **Posiciones de corte (bp, separadas por comas)** (text): Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.
- **Número de sitios de corte** (number): Number of cut sites (count mode); fragments = n circular or n+1 linear.
- **Decimales** (number)

## Cuándo usarlo

- Planificar una digestión simple o doble de un plásmido circular y comprobar los tamaños esperados.
- Predecir los fragmentos de un producto de PCR o de otro ADN lineal a partir de sus posiciones de corte.
- Obtener una estimación media cuando conoces el número de sitios, pero no sus coordenadas exactas.

## Cómo funciona

- Selecciona la topología del sustrato: plásmido circular o ADN lineal.
- Elige entre introducir posiciones de corte separadas por comas o indicar únicamente el número de sitios.
- Especifica la longitud total del sustrato en pares de bases y, si usas el modo de posiciones, las coordenadas de corte.
- La herramienta devuelve los fragmentos, su cantidad, la longitud media, los tamaños mínimo y máximo y el total de pares de bases.

## Casos de uso

- Comprobar mapas de restricción de plásmidos antes de una digestión y comparar los tamaños esperados en un gel de agarosa.
- Verificar los fragmentos generados al cortar un producto de PCR lineal en coordenadas internas conocidas.
- Estimar rápidamente el tamaño medio de los fragmentos cuando solo se conoce el número de sitios de restricción.

## Preguntas frecuentes

### ¿Cuántos fragmentos produce un ADN circular con n cortes?

Un sustrato circular produce n fragmentos, incluido el fragmento que envuelve el origen.

### ¿Cuántos fragmentos produce un ADN lineal con n cortes?

Un sustrato lineal produce n+1 fragmentos porque incluye las dos piezas terminales.

### ¿Cómo se introducen las posiciones de corte?

Escribe coordenadas únicas, separadas por comas y contadas desde la base 1, por ejemplo: 1000, 2000.

### ¿Qué calcula el modo de número de sitios?

Calcula el número de fragmentos y su longitud media suponiendo una distribución uniforme de los sitios.

### ¿Qué significa que un sitio de 4 o 6 bases aparezca con cierta frecuencia?

En ADN aleatorio, un reconocedor de 4 bases aparece aproximadamente cada 256 bp y uno de 6 bases cada 4096 bp. Es una expectativa, no una predicción exacta.

## Herramientas relacionadas

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