# Calculadora de afinidad proteína-ADN (estimación de Kd) Estima el Kd a partir de un punto según el equilibrio 1:1: con proteína en exceso, f = [P]÷([P]+Kd), luego Kd = [P]×(1−f)÷f; con f = 0.5 el Kd iguala la concentración de proteína. Dos entradas: fracción unida directa (0–1) o anisotropía de fluorescencia f = (r−rlibre)÷(rligado−rlibre). Añade ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por defecto). Bandas: <1 nM muy fuerte, 1–100 nM fuerte (dianas típicas de factores transcripcionales), 100 nM–1 µM moderado, >1 µM débil (revisar sal y competidor poly(dI-dC)). Supuestos: equilibrio, 1:1, proteína en gran exceso; para curvas completas ajuste la titulación entera. Fuentes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Solo para educación. > Página canónica: https://elysiatools.com/es/tools/protein-dna-binding-affinity - **Categoría:** Education - **Palabras clave:** afinidad proteína adn, calculadora kd, estimación constante disociación, fracción ligada anisotropía, anisotropía de fluorescencia unión, energía libre unión delta g, factor transcripción unión adn, constante de disociación, modelo unión 1:1, biología molecular, calculadora laboratorio ## Descripción general La calculadora estima la constante de disociación Kd de una interacción proteína-ADN 1:1 a partir de la fracción unida o de datos de anisotropía de fluorescencia. También calcula ΔG° mediante ΔG° = RT·ln(Kd), con 25 °C como valor predeterminado. ## Entradas - **Modo de cálculo** (select): Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values. - **Concentración de proteína (nM)** (number): Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA). - **Fracción unida (0–1)** (number): Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1). - **Anisotropía medida (r)** (number): Anisotropy of the sample (anisotropy mode). - **Anisotropía del estado libre (r libre)** (number): Anisotropy of the unbound labeled DNA alone. - **Anisotropía del estado unido (r ligado)** (number): Anisotropy of the fully bound complex (protein-saturated). - **Temperatura (°C)** (number): Incubation temperature, used for ΔG° = RT·ln(Kd). - **Decimales** (number) ## Cuándo usarlo - Estimar un Kd preliminar a partir de un único punto de unión con proteína en exceso. - Convertir una lectura de anisotropía en fracción de ADN unido y calcular la afinidad. - Obtener una estimación de ΔG° y clasificar la interacción por rangos de afinidad. ## Cómo funciona - Selecciona el modo de cálculo: fracción unida directa o anisotropía de fluorescencia. - Introduce la concentración total de proteína en nM y los datos correspondientes al modo elegido. - En modo anisotropía, calcula f = (r − r libre) ÷ (r ligado − r libre). - Estima Kd con Kd = \[P\] × (1 − f) ÷ f y calcula ΔG° a la temperatura indicada. ## Casos de uso - Comparar de forma preliminar la afinidad de factores de transcripción por secuencias de ADN. - Interpretar mediciones de anisotropía de un oligonucleótido marcado. - Planificar experimentos y revisar si un resultado cae en un rango de afinidad muy fuerte, fuerte, moderado o débil. ## Preguntas frecuentes ### ¿Qué fórmula utiliza la calculadora? Usa el modelo de unión 1:1 con proteína en exceso: Kd = [P] × (1 − f) ÷ f. ### ¿Qué valores acepta el modo de fracción unida? La fracción unida debe estar entre 0 y 1, sin incluir los extremos. ### ¿Cómo se calcula la fracción a partir de anisotropía? Se calcula como f = (r − r libre) ÷ (r ligado − r libre). ### ¿Qué significa un Kd bajo? Un Kd bajo indica una interacción más fuerte. Menos de 1 nM se clasifica como muy fuerte y 1–100 nM como fuerte. ### ¿La calculadora ajusta una curva completa de titulación? No. Es una estimación de un solo punto; para una curva completa debe ajustarse la titulación entera. ## Herramientas relacionadas - [Conversor de unidades de actividad enzimática (U ↔ katal)](https://elysiatools.com/es/tools/enzyme-unit-converter): Convierte con exactitud entre unidades de actividad enzimática: 1 U = 1 µmol/min (IUB 1978), 1 kat = 1 mol/s (BIPM 1999), luego 1 U = 16,667 nkat, 1 µkat = 60 U y 1 kat = 6×10⁷ U. Introduzca un valor en U/mU/µU o kat/mkat/µkat/nkat/pkat y obtenga la misma actividad en todas las demás unidades a la vez. Conversión pura de escala, sin supuestos de ensayo, útil para manuscritos y fichas técnicas. Fuentes: comité de nomenclatura IUB, BIPM 21.ª CGPM, libro verde IUPAC. Solo para educación. - [Calculadora de densidad celular OD600 (E. coli)](https://elysiatools.com/es/tools/od600-cell-density): Convierte lecturas de turbidez OD600 en concentración celular y peso seco (CDW): OD normalizada = lectura × factor de dilución ÷ camino óptico; células/mL = OD × células por OD (1×10⁹ por defecto, valor habitual de E. coli); CDW g/L = OD × g/L por OD (0.36 por defecto, BioNumbers 109837; rango 0.3–0.5). Ambos factores son editables — cepa, medio e instrumento los modifican; los valores por defecto son autoconsistentes: 0.36 g/L ÷ 10⁹ células/mL = 0.36 pg/célula. Marca lecturas OD > 1 fuera del rango lineal (Sigma-Aldrich). Fuentes: BioNumbers 109835/109837, Agilent/VectorBuilder. Calibre con su propia curva OD-CFU. Solo para educación. - [Calculadora del punto isoeléctrico de proteínas (pI)](https://elysiatools.com/es/tools/protein-isoelectric-point): Calcula el punto isoeléctrico teórico a partir de la composición de aminoácidos: carga neta por Henderson–Hasselbalch en cada grupo ionizable (conjunto pKa simplificado de ExPASy/Bjellqvist: N-term 7.5, K 10.0, R 12.0, H 5.98; C-term 3.55, D 4.05, E 4.45, C 9.0, Y 10.0) y bisección hasta la carga cero. También devuelve la carga neta a pH fisiológico 7.4, el peso molecular medio (tabla de masas de ProtParam + agua) y la lectura ácida/básica. Limitaciones: pKa de cadena desplegada, sin modificaciones postraduccionales; el conjunto de pKa y el algoritmo de bisección son idénticos a Biopython IsoelectricPoint (resultados numéricamente iguales), mientras que el conjunto completo de Bjellqvist de ExPASy distingue residuos terminales y puede diferir ligeramente. Fuentes: Bjellqvist 1993, Gasteiger 2003 (ExPASy), Biopython IsoelectricPoint. Solo para educación. - [Generador de citas](https://elysiatools.com/es/tools/citation-generator): Genera citas APA 7, MLA 9, Chicago, IEEE, BibTeX y RIS a partir de DOI, ISBN, URL o metadatos manuales. - [Calculadora de temperatura de anillado PCR (Ta = Tm − 5°C)](https://elysiatools.com/es/tools/annealing-temperature-calculator): Calcula la temperatura de anillado (Ta) de la PCR con dos reglas: la regla simple de banco Ta = Tm − 5°C (tomando el MENOR Tm del par de cebadores) y la fórmula empírica de Rychlik 1990: Ta = 0.3×Tm(cebador) + 0.7×Tm(producto) − 14.9 (el Tm del producto suele ser 75–90°C y la fórmula cae 1–8°C por encima de la regla simple en pares típicos). Entrega la Ta recomendada, un rango de gradiente ±3°C y la dirección de ajuste: Ta baja produce bandas inespecíficas y dímeros, Ta alta sin producto; mantenga los dos Tm dentro de 2–3°C y anille con el menor. Fuentes: Rychlik 1990, Innis & Gelfand 1990, Lorenz 2012. Solo planificación experimental. - [Analizador de pedigrees de herencia autosómica dominante](https://elysiatools.com/es/tools/autosomal-dominant-pedigree): Calcula el riesgo en la descendencia para herencia autosómica dominante (AD) y evalúa el ajuste de los conteos observados a la proporción esperada. Genotipos parentales → proporción esperada: AA × cualquiera = todos afectados; Aa × Aa = 3:1 (75%); Aa × aa = 1:1 (50%); aa × aa = ninguno. Los conteos observados admiten una prueba chi-cuadrado (df = 1, crítico 3.841). Rasgos del pedigree AD: transmisión vertical, ambos sexos afectados por igual, existe transmisión hombre-a-hombre (excluye el dominante ligado al X), los no afectados no transmiten (salvo mutación de novo). Enfermedades ejemplo: Huntington, acondroplasia, Marfan. Fuentes: Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls, OMIM. Solo uso educativo. - [Calculadora de riesgo de herencia autosómica recesiva](https://elysiatools.com/es/tools/autosomal-recessive-risk): Calcula la probabilidad de que un hijo (o al menos uno de n hijos) padezca una enfermedad autosómica recesiva. Un hijo afectado (aa) debe recibir un alelo recesivo de AMBOS progenitores: P(hijo afectado) = P(progenitor 1 transmite a) × P(progenitor 2 transmite a). Estados: portador (Aa), afectado (aa), no portador (AA), desconocido (P(Aa)=c, P(aa)=c² por frecuencia poblacional). Dos portadores → 25% por hijo, 50% portadores, P(portador | no afectado) = 2/3; al menos uno de n afectados = 1 − (1−r)^n. Portadores por defecto 0.04 (fibrosis quística 1/25). Fuentes: Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Solo uso educativo, no sustituye la consejería genética. - [Calculadora de recuento celular en cámara de Neubauer](https://elysiatools.com/es/tools/cell-counting-hemocytometer): Convierte recuentos brutos de la cámara de Neubauer mejorada en concentración: células/mL = (total contadas ÷ cuadrículos) × dilución × 10⁴ (cada cuadrículo de 1 mm² con profundidad de 0,1 mm contiene exactamente 0,1 µL). Introduzca el total contado, el número de cuadrículos (normalmente 4 esquinas o 5 con el central) y la dilución; opcionalmente el volumen para el total de células. Incluye consejos según la densidad ideal de 20–100 células por cuadrículo. Fuentes: manual de Freshney, geometría Neubauer mejorada. Solo para educación. ## Ejemplos - [Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Web Python](https://elysiatools.com/es/samples/web-image-processing-python): Ejemplos de procesamiento de imágenes Web Python usando PIL/Pillow incluyendo lectura, guardado, redimensionamiento y conversión de formato - [Muestras FLAC Sin Derechos de Autor](https://elysiatools.com/es/samples/flac-samples): Colección de audio FLAC sin pérdidas para pruebas y desarrollo, incluyendo sonidos de la naturaleza y música de meditación - [Muestras MP3 Sin Derechos de Autor](https://elysiatools.com/es/samples/mp3-samples): Colección de muestras de audio sin derechos de autor para pruebas y desarrollo, incluyendo sonidos de la naturaleza, música de meditación y audio ambiental - [Muestras WAV Sin Derechos de Autor](https://elysiatools.com/es/samples/wav-samples): Colección de audio WAV sin compresión para pruebas y desarrollo, incluyendo sonidos de la naturaleza y música de meditación ## Contenido relacionado - [Herramientas de cuantificación de proteínas, cinética enzimática y análisis de secuencias](https://elysiatools.com/es/hubs/protein-quantification-enzyme-kinetics-sequence-tools): Planifica ensayos de proteínas, convierte concentraciones y analiza secuencias, actividad, cinética, inhibición y unión en un solo flujo de laboratorio. - [Herramientas de codificacion y conversion de audio](https://elysiatools.com/es/hubs/audio-convert): Compara conversion de formatos de audio, cambios de bitrate, conversion de frecuencia de muestreo, cambio de codec y exportacion en un solo hub. - [Herramientas de conversion de formatos de imagen y exportacion animada](https://elysiatools.com/es/hubs/image-convert): Compara convertidores de imagen para JPG, PNG, GIF, AVIF, WebP, TIFF, ICO, base64 y salidas pensadas para animacion en un solo hub. - [Herramientas de intercambio JSON y traduccion de formatos](https://elysiatools.com/es/hubs/json-convert): Compara herramientas de conversion JSON para CSV, YAML, TOML, GraphQL, XML, Markdown, Excel, BSON, EDN y otros formatos estructurados en un solo hub.