# Calculadora de Tm de cebadores PCR (Wallace / vecinos más cercanos)

Calcula la temperatura de fusión (Tm) de cebadores de PCR con dos métodos, ambos informados: la regla de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimación rápida para oligos cortos <14 nt, ignora contexto, concentración y sal) y el método termodinámico de vecinos más cercanos unificado de SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15, con los 16 parámetros de apilamiento, términos de iniciación terminal y corrección de simetría para autocomplementarios; permite fijar concentración del cebador y de sodio (familia usada por Primer3). También entrega contenido GC, composición de bases y Ta sugerida = Tm − 5°C. Fuentes: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Solo para tamizado inicial.

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- **Categoría:** Education

- **Palabras clave:** calculadora tm cebador, temperatura de fusión, regla de wallace, tm vecinos más cercanos, termodinámica santalucia, diseño de cebadores, contenido gc, temperatura de anillado, cebador pcr, tm oligonucleótido, primer3, pcr

## Descripción general

Calcula la temperatura de fusión (Tm) de un cebador PCR a partir de su secuencia de ADN de 5' a 3'. Compara la regla de Wallace con el método de vecinos más cercanos de SantaLucia 1998 y muestra el contenido GC, la longitud y una temperatura de anillado inicial sugerida.

## Entradas

- **Secuencia del cebador (5'→3')** (text): DNA primer sequence, A/C/G/T only (case-insensitive); 5–60 nt.
- **Método de Tm** (select): Wallace for a quick short-oligo estimate; nearest-neighbor is the standard for primer design.
- **Concentración del cebador (nM)** (number): Primer strand concentration (nearest-neighbor method only).
- **Concentración de sodio (mM)** (number): \[Na+\] of the reaction buffer (nearest-neighbor method only).
- **Decimales** (number)

## Cuándo usarlo

- Para obtener una estimación rápida de Tm con la regla de Wallace en oligonucleótidos cortos.
- Para evaluar un cebador con el método termodinámico de vecinos más cercanos usando concentraciones definidas de cebador y sodio.
- Para comparar Tm, contenido GC y temperatura de anillado sugerida durante el tamizado inicial de cebadores PCR.

## Cómo funciona

- Introduce una secuencia de ADN de 5' a 3' formada únicamente por A, C, G y T, con una longitud de 5 a 60 nucleótidos.
- Selecciona la regla de Wallace o el método de vecinos más cercanos de SantaLucia 1998.
- Si eliges vecinos más cercanos, indica la concentración del cebador en nM y la concentración de sodio en mM.
- La herramienta calcula ambas Tm, además del contenido GC, la longitud y una Ta inicial aproximada como Tm − 5 °C.

## Casos de uso

- Comparar rápidamente la Tm de cebadores candidatos antes de configurar una PCR.
- Revisar cómo cambian los resultados al modificar la concentración de cebador o de sodio.
- Identificar diferencias entre una estimación Wallace y un cálculo termodinámico para una misma secuencia.

## Preguntas frecuentes

### ¿Qué secuencia acepta la calculadora?

Acepta una secuencia de ADN de 5' a 3' con letras A, C, G y T, sin distinguir entre mayúsculas y minúsculas, y de 5 a 60 nt.

### ¿Qué diferencia hay entre Wallace y vecinos más cercanos?

Wallace usa la fórmula rápida 2 °C para A/T y 4 °C para G/C. Vecinos más cercanos incorpora el contexto de la secuencia, la concentración y la sal.

### ¿Cuándo debo usar el método de vecinos más cercanos?

Es la opción más adecuada para el diseño inicial de cebadores porque considera parámetros termodinámicos y las condiciones indicadas.

### ¿Qué efecto tienen la concentración del cebador y del sodio?

Solo afectan al cálculo de vecinos más cercanos. La herramienta los usa para ajustar la Tm a las condiciones introducidas.

### ¿La Ta sugerida es una temperatura definitiva para la PCR?

No. Es un punto de partida calculado como Tm − 5 °C y debe verificarse experimentalmente o con herramientas especializadas.

## Herramientas relacionadas

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## Ejemplos

- [Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Web Python](https://elysiatools.com/es/samples/web-image-processing-python): Ejemplos de procesamiento de imágenes Web Python usando PIL/Pillow incluyendo lectura, guardado, redimensionamiento y conversión de formato
- [Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Android Java](https://elysiatools.com/es/samples/android-image-processing-java): Ejemplos de procesamiento de imágenes Android Java incluyendo lectura/escritura, escalado y conversión de formato
- [Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Android Kotlin](https://elysiatools.com/es/samples/android-image-processing-kotlin): Ejemplos de procesamiento de imágenes Android Kotlin incluyendo lectura/escritura, escalado y conversión de formato
- [Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Web Rust](https://elysiatools.com/es/samples/web-image-processing-rust): Ejemplos de procesamiento de imágenes Web Rust incluyendo lectura/escritura, escalado y conversión de formato